细胞进行有氧呼吸的主要场所在线粒体内。无氧呼吸主要在细胞基质内。有的原核生物，如硝化细菌和根瘤菌，虽然没有线粒体，但却含有全套的与有氧呼吸有关的酶，这些酶分布在细胞质基质和细胞膜上，因此，这些细胞是可以进行有氧呼吸的。
细胞进行有氧呼吸的反应方程式
有氧呼吸：
总：
葡萄糖+6氧气+6水=12水+6二氧化碳+能量(热+38ATP)
分：
葡萄糖+酶=2丙酮酸+2ATP
+4【H】
+热能
场所：细胞质基质
2丙酮酸+酶+6水=6二氧化碳+20【H】+2ATP+热能
场所：线粒体基质
24【H】+6氧气=12水+34ATP+热能
场所：线粒体内膜
无氧呼吸：
总：1.葡萄糖+酶=2乳酸+热能+2ATP
场所：乳酸菌，高等动物，植物器官
2.葡萄糖+酶=2酒精+2二氧化碳+热能+2ATP
场所：马铃薯块根，甜菜块茎
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