从纯度来说，盐酸根比硫酸根的分子量更低，因此结合在氨糖分子上，盐酸氨糖的纯氨糖含量比例要相对高于硫酸氨糖，从相对生物利用度来说，盐酸氨基葡萄糖要高于硫酸氨糖葡萄糖。
二者不同
1.作用不同
从药物副作用上来说，盐酸氨糖中的氯离子对胃肠道有一定的刺激性，因此，盐酸氨糖发生胃部不适副反应的几率会更大，而硫酸氨糖相对胃肠道刺激小，但服用氨糖，都有可能出现胃痛、腹部不适、恶心等不良反应的发生。
2.形成过程不同
硫酸氨糖在形成过程中，往往需要氯化钠等物质作为稳定性，因此，有些硫酸氨糖制剂中，往往还有较高的Na离子，对于盐敏感性高血压患者来说，过多的摄入Na离子，也是一种升高血压的风险，但盐酸氨糖则没有这个方面的问题，但目前市面上也有一些脱去钠离子或钾离子的新式的硫酸氨糖产品，这类产品相对来说则安全性更高。
盐酸氨糖
盐酸氨糖一直在与硫酸氨糖进行对比，仅就作用来看，这两者是没有任何区别的。作用：盐酸盐和硫酸盐都完全溶解于胃酸中，胃酸能使所有的氨基葡萄糖释放出来以供小肠迅速吸收，而不管其来源，一旦氨基葡萄糖被吸收进血液，它就与最初的盐无关，对身体的作用是相同的。
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