人文社会科学是相对于自然科学而言的知识体系。当然，两者都是对客观事物的本质、发展规律的揭示，相互渗透、相互转化，具有内在相关性、相似性和统一性。其发展趋势将如马克思所说：“自然科学往后将包括关于人的科学，正像关于人的科学包括自然科学一样：这将是一门科学。” 但根源于人类精神活动与社会活动的特殊性，人文社会科学具有与自然科学不同的特点，这也是应该仔细分析的，认识两者之间的差异有助于了解它们的特点。
——从研究对象角度看。
人文社会现象与自然现象、技术现象的差异是造成人文社会科学与自然科学差异的根源。自然现象具有不依赖于主体而存在和发展的客观性和普遍性，科学研究活动中的主客体界线分明，具有较强的实证性；即使涉及人，也是把人作为没有意志的客体看待的，如医学、心理学、人类学视野中的人。而人文社会科学的研究对象具有主观自为性和个别性，其中充满复杂的随机因素的作用，不具备重复性；研究对象本身又是由有意志、有目的和有学习能力的人的活动构成的，涉及变量众多、关系复杂，贯穿着人的主观因素和自觉目的，认识活动中的主客体界线模糊；即使涉及自然物，也是用以再现社会关系与人类精神，如诗人眼中的玫瑰花表示爱情，经济学家眼中的商品体现着劳动价值、生产关系等。自然科学的研究对象大多与时代背景无直接关系，而人文社会科学的研究对象与时代发展息息相关，多带有强烈的时代背景色彩。只有把研究对象置于具体时代背景之中，才能揭示研究对象的本质。总之，与自然现象和技术现象的自在性、同质性、确定性、价值中立性、客观性等特点相比，人文社会现象具有人为性、异质性、不确定性、价值与事实的统一性、主客相关性等特点，从而形成了人文社会科学的诸多特色。
——从研究方法角度看。
自然科学是以实证、说明为主导的理性方法，而人文学科更多地使用内省、想象、体验、直觉等非理性方法。(自然)科学和人文学科可以互相补充，因为它们在探究和解释世界的方式上存在根本区别，它们属于不同的思维能力，使用不同的概念，并用不同的语言形式进行表达。科学是理性的产物，使用事实、规律、原因等概念，并通过客观语言沟通信息；人文学科是想象的产物，使用现象与实在、命运与自由意志等概念并用感情性和目的性的语言表达。《简明大不列颠百科全书》，760页。
人文社会世界的主体性、个别性、独特性、丰富性特征，要求认识主体具备把握意义世界的主观感悟能力，而这种能力的形成与个体的生活经历、生命体验密切相关，人文社会科学的认识活动因而带有个体性与差异性特点。因此，一些哲学家认为解释学能够提供适合人文社会科学的客观性的方法论。(自然)科学和人文学科的区别在于其分析和解释的方向；科学从多样性和特殊性走向统一性、一致性、简单性和必然性；相反，人文学科则突出独特性、意外性、复杂性和创造性。同上。
——从研究手段角度看。
自然科学通常使用实验手段，在人为控制条件下，使研究对象得到简化、纯化和强化，使对象的属性及其变化过程重复出现，从而观察和认识研究对象，达到客观统一的认识。而人文社会科学很难使用实验方法，即使社会科学研究中采用的“试验”、“试点”，也总是随时间、地点和具体对象而改变，很难做到研究对象的简化和纯化，也不可能使研究对象的属性重复出现，与自然科学研究中的实验大相径庭。此外，数学方法是自然科学研究中普遍使用的基本方法。但由于人文社会科学现象的复杂性，至今只有经济学、社会学等个别社会科学门类，采用数学方法作为辅助研究手段。至于人文现象，更难以量化和纳入数学模型，很少有采用数学方法进行研究的成功案例。
——从研究目的角度看。
自然科学主要是在认识论框架下展开的，目的在于揭示自然界的本质与物质运动的规律，追求认识的真理性，试图规范和指导改造自然的实践活动，造福人类。工具理性维度构成自然科学的核心，价值理性维度多在自然科学视野之外。人文社会科学主要是在价值论框架下展开的，目的在于通过对人类文化与社会本质、发展规律的研究，丰富人类精神世界，提升生活质量，指导改造社会的实践活动，兼具工具理性与价值理性。人文社会科学不仅有助于营造一个促进经济与社会发展的和谐环境，而且注重探讨与人类生存、发展、幸福有关的价值与意义。“如果人文科学想要求得自身的生存，它们就必须关心价值。这种关心是人文科学与自然科学的最明显的区别。”
——从学科属性角度看。
自然科学具有客观性和真理性，忽视价值判断，可为任何阶级、民族和国家服务。自然科学内部不同学派之间的争论，多是基于认识差异上的学术争论，一般不涉及阶级偏见。而在人文社会科学活动中，认识者往往既是认知主体，又是被认知的客体。作为主体，他能认识客体与自己；作为客体，他是人生意义的产生者、民族文化的承担者、社会活动的参与者、自我认识的历史存在。人文社会科学是真理性、价值性与艺术性的统一，多属社会意识形态，往往程度不一地打上阶级或民族的烙印，难以毫无差别地为一切阶级、民族和国家服务。因此，人文社会科学比自然科学更多地受到统治阶级的干预和控制。正如贝尔纳所说：“社会科学的落后主要不是由于研究对象具有一些内在差别或仅仅是复杂性，而是由于统治集团的强大的社会压力在阻止着对社会基本问题进行认真的研究。”人文社会科学工作者总是从属于一定的阶级、民族和国家等利益集团，与人文社会现象之间存在着或多或少的利害关系，研究成果往往透着各自的知识背景、价值观、民族文化传统，带有阶级倾向性。如历史的“辉格”解释等。这也就是为什么世界上只有一种物理学、化学、天文学，却并存着多种哲学、历史学、法学的原因。
此外，自然科学研究以集体劳动为主，人文社会科学研究以个体劳动为主。自然科学的时代性较弱，继承性较强；人文社会科学的时代性较强，继承性较弱。自然科学体现的是一种以探索、求实、批判、创新为核心的科学精神；人文社会科学体现的是以追求真善美等崇高的价值理想为核心，以人的自由和全面发展为终极目的的人文精神。如此等等。总之，人文社会科学与自然科学在许多方面都存在着差异，这里远未穷尽它们之间的差别，正是这些差异使人文社会科学成为与自然科学相区别的相对独立的知识体系。
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