近年来，随着我国高等教育事业的迅速发展，高校作为科学研究的重要力量，越来越多地参与到各个领域的科学研究活动中，所承担的科研项目和筹措的科研经费均大幅增长，科研经费占学校收入的比重逐年递增。国家、社会、企业对高校科研工作给予了高度的关注，这对高校的科研经费管理工作提出了新的挑战。从近年来审计、检查的情况看，绝大部分高校根据财政部、教育部等部门的要求，对科研经费加强管理，合理使用，保证了科研项目的顺利实施。但由于部分高校缺乏完善有效的科研经费管理制度，在科研经费管理和使用过程中仍然存在一些问题，影响了正常的科研工作。因此，如何切实加强科研经费管理，提高科研经费使用效益，保证科研项目的顺利实施和科研工作的健康发展，已成为当前高校发展过程中急需解决的问题。
1 高校科研经费管理中存在的主要问题
1.１ 高校科研项目管理与经费管理脱节
目前大多数高校对科研工作的管理模式是科研部门负责项目管理，财务部门负责经费管理。科研部门注重于争取项目或提取管理费，对科研经费的使用情况及效益性缺乏足够的重视，而财务部门对科研经费的筹集和运用缺乏综合管理和有效监督，这样的科研经费管理模式容易造成项目管理与经费管理脱节，因此很难对其实施行之有效的管理和控制。在实际工作中，科研部门往往只重视科研项目的数量和规模，一些高校为了调动教职工的科研积极性，同时为了防止因高校经费管理办法的差异而导致科研经费外流，在国家没有专门宏观指导性较强的统一的科研经费管理制度下，制定了一些较为宽松的校内科研经费管理办法。学校在科研经费到账后，一般只提取少量的管理费，对科研经费的使用情况及效益性缺乏足够的重视，而学校财务部门只履行简单的报销手续，对科研经费的筹集和运用全过程缺乏综合管理和有效监督，从而造成了课题组负责人使用科研经费的过程缺乏有效监管与控制，使科研经费支出存在较大的无序性和随意性。
1.２ 高校科研经费管理预算不完善
在编制科研项目经费预算时，由于各科研项目所研究的领域不同且有其各自的特殊性，以及科研项目的不可预见性及复杂性，要编制准确、可行的项目预算，难度往往很大。项目负责人在编制预算时，没有财务人员的参与，由于缺乏财务预算的编制知识，仅凭经验估计，很少对项目预算进行科学合理的研究，导致经费到账后很难按预算执行。由于财务部门对科研项目的实施过程不熟悉，也就难以监督科研经费的预算执行情况，预算形同虚设，缺乏应有的制约力。
1.３ 高校科研经费成本核算与实际支出不相符
一直以来，高校科研项目经费的成本核算管理较为薄弱。对科研项目中的各项成本要素支出不能进行准确、科学的核算。目前科研经费中的成本核算，实际上也仅是核算经费是否用完，至于经费的去向是否与科研有关，科研部门对此一般不予过问，财务部门也只是记流水账而已，通过对科研项目的投入与产出进行考核评价科研经费的经济效益更是无从谈起。结果是科研经费的支出不合理、支出私有化成了普遍现象。在经费使用过程中，一些间接费用如水电费、实验仪器设备使用费、科研人员工资与奖金的核算不能据实分摊，大部分高校从没将这些间接费用计入科研项目成本进行核算，而是直接在教育事业费中支出，造成了科研项目研究成本不实，影响了科研项目成本核算的准确性和全面性，并在某种意义上也增加了事业支出的压力。
1.４ 高校科研经费购置的固定资产管理不规范
目前，大多数高校在科研经费管理体制上实行的是课题组负责制，课题组购置的科研仪器设备和图书资料大多由课题组负责人保管使用，在科研人员工作调动和岗位调动时，有的没有办理严格的资产交接手续，物随人走。有的将固定资产化整为零，把固定资产拆分成材料开具多张发票，从而造成国有资产严重流失。有的固定资产配置不合理，个别部门资产重复购置，个别部门高价购买的设备实验完成后便长期闲置无人问津。此外，高校对科研项目形成的专利技术、非专利技术、版权、软件等自创的无形资产尚未建立有效的管理制度。科研管理部门只对部分专利进行记载，没有对全部的无形资产进行管理，学校没有将科研成果、专利技术等无形资产入账管理，其价值的确认没有规范处理，造成浪费和流失。
1.５ 高校科研经费使用过程中的随意性
很多高校为鼓励教师申报课题，疏于对科研经费的管理，认为科研经费是科研人员自己争取的，项目负责人花自己的钱，只要教师能为学校争取到课题项目，经费放松点也行，进而造成了对课题负责人使用科研经费的过程缺乏有效的监督与控制。因此出现了经费使用上的无序性和随意性。课题组负责人或课题组成员无论买什么东西，只要课题组负责人签字在科研经费中报销就没问题。如将与课题无关的通讯费、交通费、旅游费甚至公关用的礼品及礼金等通过变通办法都可在科研费中列支，变相地将科研经费转为个人财产。
1.６ 高校科研经费存在结题不结账现象
目前，科研经费结题不结账现象在各高校中较为普遍，大部分课题组在科研项目开展时，科研项目的费用支出尽可能不在科研经费中开支，想办法争取经费节余，将剩余的资金长期挂在账上用于不属于该课题的其他支出，使得学校无法及时完成项目经费决算，造成年终会计报表未完成科研项目经费太多，会计报表数据不准确，不能真实地反映学校的实际情况。对已完成的科研项目，在验收时往往只注重技术和成果的验收，却很少顾及经费使用的绩效考评。
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