会计科目的变化
《小企业会计准则》对企业发生的资产损失（包括现金短款）列支科目，不再区分使用管理费用、投资收益、营业外支出或资产减值损失等会计科目，统一使用营业外支出科目。
对存货盘盈，不再冲减管理费用，而是直接计入营业外收入科目。对固定资产盘盈，不再要求作为以前年度差错，不调整以前年度未分配利润，而是作为营业外收入处理。
《小企业会计准则》要求小企业在清查财产过程中发生的各种财产盘盈、盘亏和毁损，应当查明原因，在年末结账前处理完毕，处理后待处理财产损溢科目应无余额。
沿袭原制度使用短期投资、长期债券投资等概念，未使用《企业会计准则》中的交易性金融资产、持有至到期投资以及可供出售金融资产等概念。
备用金作为其他货币资金核算和列报，不再作为其他应收款。
单设周转材料科目，核算不符合固定资产标准的低值易耗品等。规定小企业在建工程试运转过程中形成的产品、副产品或试车收入冲减在建工程成本。
存货
在发出存货的计价方面，《小企业会计准则》取消了发出存货的后进先出法，允许小企业采用先进先出法、加权平均法或者个别计价法确定发出存货的实际成本，计价方法一经采用，不得随意变更。
对于性质和用途相似的存货，应当采用相同的成本计算方法确定发出存货的成本。对于不能替代使用的存货、为特定项目专门购入或制造的存货以及提供的劳务，采用个别计价法确定发出存货的成本。
在借款费用资本化方面，对经过一年期以上的制造才能达到预定可销售状态的存货发生的借款费用，也计入存货的成本。
所谓借款费用，是指小企业因借款而发生的利息及其他相关成本，包括借款利息、辅助费用以及因外币借款而发生的汇兑差额等。
长期债券投资和长期股权投资
对小企业的长期债券投资不再要求按照公允价值入账，而是要求按照成本（购买价款加上相关税费减去实际支付价款中包含的已到付息期但尚未领取的债券利息）入账。
对长期债券投资的利息收入不再要求在债务人应付利息日按照其摊余成本和实际利率计算，而是要求在债务人应付利息日按照债券本金和票面利率计算应收未收利息收入，确认为投资收益。在长期债券投资（或持有至到期投资）中的债券折价或者溢价的摊销方面，《小企业会计准则》规定，债券的折价或者溢价在债券存续期间内于确认相关债券利息收入时采用直线法进行摊销。
长期股权投资应当采用成本法进行会计处理，而不再采用权益法进行会计处理。在长期股权投资持有期间，被投资单位宣告分派的现金股利或者利润，应当按照分得的金额确认为投资收益。
固定资产
对小企业融资租入的固定资产成本，应当按照租赁合同约定的付款总额和在签订租赁合同过程中发生的相关税费等确定，不再要求按照租赁开始日租赁资产公允价值与最低租赁付款额现值两者中较低者作为会计计量基础。
《小企业会计准则》要求小企业应当根据固定资产的性质和使用情况，并考虑税法的规定，合理确定固定资产的使用寿命和预计净残值。对折旧年限的规定与企业所得税法一致，需要提醒企业注意的是，如果企业的固定资产由于技术进步等原因，确需加速折旧的，可以缩短折旧年限。采用缩短折旧年限方法的，最低折旧年限不得低于上述规定的折旧年限的60%；根据国税发〔2009〕81号文件，企业确需对固定资产采取缩短折旧年限或加速折旧方法的，应当在取得该固定资产后1个月内，向其企业所得税主管税务机关备案；对集成电路生产企业的生产性设备，经主管税务机关批准，其折旧年限可以适当缩短，最短可为三年；根据财税〔2008〕1号文件，企业购进软件，凡符合固定资产或无形资产确认条件的，可以按照固定资产或者无形资产进行核算，经主管税务机关批准，其折旧或摊销年限可以适当缩短，最短可为两年。
无形资产
《小企业会计准则》一是规定土地使用权应与建筑物分别进行处理；二是增加了自行开发的无形资产，并单设了“研发支出”科目；三是增加“累计摊销”科目核算无形资产摊销；四是无形资产摊销根据受益对象计入成本费用，部分无形资产摊销可以计入“制造费用”科目，而不是全部计入“管理费用”科目。
对无形资产的摊销期限问题，《企业会计准则》规定，企业应当于取得无形资产时分析判断其使用寿命；使用寿命有限的无形资产，应摊销金额应当在使用寿命内系统合理摊销；企业摊销无形资产，应当自无形资产可供使用时起，至不再作为无形资产确认时止。
而《小企业会计准则》规定，无形资产的摊销期自其可供使用时开始至停止使用或出售时止；有关法律规定或合同约定了使用年限的，可以按照规定或约定的使用年限分期摊销；小企业不能可靠估计无形资产使用寿命的，摊销期不得低于10年。
长期待摊费用处理
《小企业会计准则》对长期待摊费用的核算内容、摊销期限均与《企业所得税法》及其实施条例的规定完全一致。《小企业会计准则》规定，小企业的长期待摊费用包括已提足折旧的固定资产的改建支出、经营租入固定资产的改建支出、固定资产的大修理支出和其他长期待摊费用等；长期待摊费用应当在其摊销期限内采用年限平均法进行摊销。
负债和资本公积
对小企业的负债不再要求按照公允价值入账，而是要求按照实际发生额入账；对小企业借款利息不再要求按照借款摊余成本和借款实际利率计算，而是要求按照借款本金和借款合同利率计算。同时，明确应付职工薪酬是“小企业为获得职工提供的服务而应付给职工的各种形式的报酬以及其他相关支出”，相关规定与《企业会计准则》完全趋同。这样有利于真实核算小企业成本，增强大企业与小企业成本信息的可比性。
《企业会计准则》规定，资本公积包括资本溢价（或股本溢价）和其他资本公积。而《小企业会计准则》规定，资本公积仅包括资本溢价（或股本溢价），即小企业收到的投资者出资额超过其在注册资本或股本中所占份额的部分，明确规定资本公积不得弥补亏损。
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