一是国库集中支付与会计集中核算的关系处理。会计集中核算改革是在进入新世纪后，在基层普遍实施的一项重要的财政改革。会计集中核算改革前，包包账、流水账在各预算单位是一个普遍存在的问题。推行会计集中核算改革，主要是为了解决基层预算单位财务收支不规范、会计基础工作差这一现实问题。经过多年运行，事实证明，会计集中核算改革后，规范了预算单位的财务收支和会计基础工作，会计集中核算比较适合基层预算单位的实际情况。基层的一些做法是实施国库集中支付改革后就不要会计集中核算了。笔者认为，取消会计集中核算后，基层各预算单位的财务收支与会计基础工作又会重新回到会计集中核算改革前的状况。这样的做法有点激进，不符合基层的实际情况，理由是：基层预算单位财务会计工作人员素质参差不齐。能够适应国库集中支付改革需要的人才很少。财政部门与各预算单位的联网更是一个现阶段不可能解决的困难。基层实施国库集中支付改革，一个不容忽视的现实困难是：信息技术人才缺乏，技术力量没有保障。
二是国库集中支付的本质。国库集中支付改革本质上是对传统的国库支付（拨款）模式的一种改进。根据经济社会发展要求，运用先进的信息技术，把对各预算单位的拨款，由传统的按进度拨款，改为按需拨款。以前财政部门给各预算单位的拨款不考虑各预算单位对财政资金的实际需要情况。这样就出现两种情况：一种情况是财政部门拨款不能满足预算单位的实际需要；另一种情况是预算单位本期对财政资金的需要少于财政部门对预算单位的拨款，财政资金就在预算单位的账户沉淀下来，这样就没有充分发挥有限的财政资金的效益。国库集中支付改革后，可以很好的解决这一问题。笔者认为，国库集中支付改革本质上是为了解决财政资金在国库的体外沉淀，提高财政资金使用效益。
三是国库集中支付改革与会计集中核算之间的联系。国库集中支付改革改的是财政部门与预算单位的经费支拨方式，实施按需拨款的经费支拨方式；会计集中核算本质是预算单位的代理记账。按需拨款与代理记账之间没有非此即彼的矛盾。相反，就当前基层的实际情况而言，在会计集中核算基础上实施国库集中支付改革更具有可行性。针对目前各预算单位财务会计人员的素质参差不齐这一现实，会计集中核算集中了一批高素质的财务会计专业人员办理业务，可以有效地解决这一问题。相比较与各预算单位的联网，与会计集中核算机构联网更具有可行性，同时可招聘相应信息技术专业人才。
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