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第一，把握审核关。根据单位资产清查损溢的申报材料，结合会计师事务所的资产清查专项核查报告和经济鉴证意见，逐一审核批复，但涉及有关方面财政部门要严格审核。一是单位与财政部门发生的往来。如对行政单位在暂存款核算的，事业单位在借人款项、其他应付款等中核算的财政周转金借款、单位申报的减少数都不应予以批复核销；应缴预算款、应缴财政专户款，单位申报的减少数也不能批复核销。二是货币资金损失。对有确凿证据证明货币资金发生了损失，如现金被盗、贪污涉案确实无法追回等，可以批复核销外，对因长期白条抵库、不合法的支出发票抵库形成的则不能核销。三是基建工程完工后未及时入账形成的固定资产盘盈；建筑承包商到税务部门开具建筑安装工程结算统一发票时要交3％的营业税、城市维护建设税、教育费附加等；有建筑工程发票的可确认批复，无建筑工程发票的不能确认批复，防止偷税漏税等。
第二，把握调账关。根据行政事业单位会计制度，结合近年部门决算报表的编报要求，对于确认批复的资产清查的损溢按下列方法调账：固定资产的增加减少，要相应该增减固定基金，对外投资的增减，调整事业基金投资基金，对于债权债务、货币资金、存货、无形资产等增减，行政单位调整结余，事业单位一般调整事业基金中一般基金，但要确保调整后的事业基金的一般基金余额不能小于零。当事业基金中一般基金不够冲减时，不够冲减的部分，卫生院等执行医院会计制度的单位要调整结余分配待分配结余，其他事业单位则调整事业结余。
第三，督促单位做好批复后的工作。对于经批复同意核销的实物资产损失，其残值应变现，作为其他收入纳入财政专户管理。各项不良债权、不良投资，要认真加强管理，要求单位建立“账销案存”的管理制度，组织力量或成立专门机构继续清理和追索，避免国有资产流失。对单位之间发生的债务，经批复核销后，要求单位与对方单位办理必要的手续。
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