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第一，制度适用范围存在局限性。现行《医院会计制度》明确规定该制度“适用于中华人民共和国境内的各级各类公立医疗机构”。随着卫生经济体制改革的不断深入，一大批民营医院、慈善医院、外资医院等多种形式的非公有制医院应运而生，而非公有制医院会计核算目前尚无制度规定。
第二，部分会计核算原则不明确。一未明确谨慎性原则。谨慎性原则是指会计人员在存在经济活动不确定性因素的情况下做出职业判断时，应保持必要的谨慎，不得多计资产或收益，少计负债或费用，但也不得设置秘密准备，谨慎性原则是对历史成本原则的修正。目前医院经济事项的不确定性日益明显，有必要引入谨慎性原则，合理计提各项资产的减值准备。二未规定实质重于形式原则。实质重于形式原则指会计主体应按照交易或事项的经济实质进行核算，而不应仅仅按照法律形式作为会计核算的依据。目前医院会计核算中，托管、资产重组等新经济事项不断涌现，只有在实质重于形式的原则下判断事实并在会计信息上予以反映，才有利于医院会计信息使用者进行决策。三未明确划分收益性支出与资本性支出。资本性支出的效益可以在几个连续的会计期间发挥作用，收益性支出的效益只在当期发挥作用，二者并不相同。而支出核算作为医院会计核算中的重要内容，对其进行合理地划分则有利于真实反映医院的财务状况与经营成果，同时也可以避免随意列支造成的收支结余不实。
第三，医院会计信息披露过于简单。现行医院会计信息披露过于简单，其主要原因在于一般情况下会计报表使用者仅限于医院及上级部门。现行医院财务报告的局限性主要表现为会计信息的及时性不够且内容不完整；财务报表项目的貌似确定性掩盖了其本质的不确定性；重法律形式轻经济实质；重货币性信息轻非货币性信息；重硬性资产轻软资产；重财务资轻财务核心能力，重历史轻未来等。随着多种所有制形式医疗机构的涌现，除政府部门以外，不同方面的人员获取会计信息的侧重点不同，各方面要求医院披露的会计信息不断增多，医院内部决策对会计信息的依赖性也越来越强，都希望从会计信息中了解医院的经营状况，发现其中的问题，以便尽早作出对策。
现行医院会计制度的完善措施如下：
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第一，在现行医院会计制度中补充营利性医院会计制度。《关于城镇医药卫生体制改革的指导意见》中明确指出，医疗机构分为非营利性和营利性两类进行管理。非营利性医院执行《医院会计制度》和《医院财务制度》，而营利性医院的会计核算参照执行企业会计制度和有关政策。而在实际操作中，照搬企业会计核算方法是不科学的，也是不可取的。由于缺乏详细、规范的核算办法，营利性医院的会计核算实际上处于混乱的状态，不利于医院的内部管理和政府部门的监督。因此，建议在医院会计制度中补充营利性医院的会计制度，以适应多种形式下医院会计核算的需要。
第二，全面遵循企业会计核算原则。为了加强对医院的会计核算，解决医院发展中的新问题，特别是解决净资产不实、总资产虚增的问题，应该全面遵循企业会计核算原则，包括严格划分收益性支出与资本性支出，以准确计算和反映医院的财务状况和运营成果；针对医院经营环境的现状，借鉴企业会计核算的谨慎性原则，计提各项资产减值准备。现有医院会计核算应该与时俱进增加反映时代要求和经营要求的一般原则，如重要性原则、实质重于形式原则等，以利于医院强化风险意识，提高职业判断的准确性。
第三，充分考虑面临的各种风险。谨慎性原则是经济活动不确定性对医院会计核算的内在要求。在市场经济的大环境下，由于竞争以及未来市场价格的波动，医院各种资产都存在着减值风险，故对于医院的药品、库存材料、固定资产等均应按照谨慎性原则计提资产减值准备。医院风险的另一方面表现在未考虑医疗事故可能导致经济赔偿的财务风险，一旦发生严重的医疗事故，就会导致巨额经济赔偿，必然严重影响医院工作的正常进行。医院实施谨慎原则，合理估计存在的风险，就能及时防范与化解风险。现行医院会计制度中资产以原始价值记账，不因市场波动而变化，难以真实地反映资产的市场价值，因此，有必要引入库存物资跌价准备、长期投资跌价准备、短期投资跌价准备、固定资产减值准备、无形资产减值准备科目，正确反映资产价值。
第四，改进医院会计信息披露模式。美国注册会计师协会财务报告特别委员会发表的《改进企业财务报告——顾客导向》特别报告指出，完整的企业财务报告体系应包括以下内容：财务和非财务数据；管理当局对财务和非财务数据的分析；前瞻性信息；有关高级管理人员变动情况的信息；经营活动的背景资料。在改进医院会计信息披露模式过程中应借鉴上述内容，不断完善会计报表体系，加强财务分析，以更好地满足不同层面对会计信息的需求。
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