1、统一内外资企业所得税制度，改变内外资企业适用两套所得税制度的状况；
2、统一并适当降低企业所得税税率，除符合规定的小型微利企业外，内资企业和外商投资企业均适用于25％的税率；
3、统一和规范税前扣除办法和标准，对原企业所得税制度下内外资企业不同的扣除办法，新企业所得税法进行了规范，包括工资的扣除标准、捐赠的扣除标准、研发费用的扣除标准等；
4、统一税收优惠政策，实行“产业优惠为主、区域优惠为辅”的新税收优惠体系，新税法实行了过渡期政策，考虑到新企业所得税法对原来享受税收优惠的企业的影响，新企业所得税法对于新法公布前符合条件的“老企业”规定了优惠延续性条款等等。
“两税”合并，是我国建立和完善社会主义市场经济体制的需要，是健全和完善税制体系，不断加强和充分发挥税收宏观调控作用的需要。一个完善的税制体系必须具有统一的流转税制度和所得税制度，1994年我国税制改革统一了内外资企业流转税制，统一内外资企业所得税制度成为完善我国税制体系的一项重要任务和必然要求。统一内外资企业所得税制度是我国税制改革和建设史上的一件大事，是我国税制逐步走向完善的重要标志之一。
“两税”合并，是我国实施区域均衡发展的重要战略。改革开放以来，我国通过推行差别性的税收政策实施了区域非均衡发展战略。经过20多年的实践，区域非均衡发展战略取得了巨大的成就，促进了我国经济整体上的高速增长和人民生活水平的显著提高，使沿海地区经济高速增长、结构升级优化、体制创新加快，推动了改革开放的深入与市场经济体制的建立，为实现区域协调发展战略创造了条件。国外区域发展经验也表明，区域间的发展水平相似，市场间的隔离度就小，区域分工与贸易机会就会增大；推动区域均衡发展有利于促进区域之间形成优势互补、分工协作、相互促进、良性互动的协调关系。
因此，“两税”合并，实行统一的内外资企业所得税制度，有利于促进区域均衡发展。从这个角度看，“两税”合并，对经济发达地区而言，挑战与机遇并存。
一方面，新企业所得税法实行“产业优惠为主、区域优惠为辅”的新税收优惠体系，无论是经济发达地区，还是经济欠发达地区，都可以结合自身优势和特点充分利用新的税收优惠体系发展国家鼓励发展的产业，而从长期看，经济欠发达地区的发展有利于经济发达地区的更大发展；
另一方面，新企业所得税法在税率和减免税方面给予了经济特区过渡期，充分考虑了经济特区在区域均衡发展中的特殊作用和地位，因为区域均衡发展仍然需要经济特区发挥其先发优势。“两税”合并，是为了建立一个公平、合理、有序的竞争环境。为吸引外资，促进改革开放，在一定时期对内外资企业实行不同的企业所得税制度，让外资企业享受一定的税收优惠政策是必要的。
当前，我国经济社会情况以及面临的国际经济环境发生了很大变化，国际竞争日趋激烈，我国经济发展不仅需要外资企业的发展，同样需要内资企业的发展，内资企业正逐渐融入世界经济体系，继续实行不同的内外资企业所得税制度，使内资企业处于不平等竞争地位，不利于内资企业的发展，影响公平竞争市场环境的建立。此外，对外资的利用水平也应不断提高层次。“两税”合并，有利于建立一个公平合理的竞争环境，使内外资企业在平等的环境中竞争。
对深圳经济发展的影响分析
从辩证的角度看，“两税”合并对深圳经济发展既有有利的一面，又存在一定的不利影响，但不会对深圳经济发展造成大的冲击。短期内，“两税”合并可能会降低深圳对一部分产业和企业的吸引力，但从长期来看，对深圳经济发展是利大于弊的，有利于深圳产业结构的进一步优化调整，有利于深圳提升利用外资的质量与效益，有利于深圳城市竞争力的增强。
（一）对深圳税收收入的影响。由于企业经营绩效的不断提高，“十五”期间深圳企业所得税收入增长较快，年均增长速度达到近20％，其税收收入地位不断提高。“两税”合并对深圳市税收收入的影响主要取决于经济发展总体情况、企业经营情况以及企业数量的变化情况。从长期看，“两税”合并对深圳市税收收入将是正向影响，即有利于深圳市税收收入增长。
（二）对深圳吸引外资的影响。综合考虑各方面因素，深圳对外商投资企业的综合吸引力不会因“两税”合并减弱，“两税”合并将推动深圳利用外资的水平走向更高层次。
首先，外资进入一个地区，看重的是它的市场潜力以及良好的经营环境等，这是外资考虑的首要因素，而企业所得税税率的高低，只是一个次要因素。对于深圳来说，吸引外资的根本原因在于以下方面：优越的地理位置、巨大而有潜力的市场、日渐完善的市场经济体制、年轻而有活力的城市等等。世界银行经济学家威勒和莫迪的研究表明，跨国公司在实现全球化扩张的过程中，最关心的因素是基础设施、现有外资状况、工业化程度和市场容量等，而不是优惠政策。
其次，新企业所得税法规定对新税法公布前已经批准设立的老企业，按照当时的税收法律、行政法规规定享受低税率优惠的，在新税法实施后5年内，逐步过渡到新的税率。在过渡期内深圳外资企业仍可享受一定的税收优惠。这给企业较为明确的预期，为外资企业提供了调整的空间。
再次，从1994年统一内外资流转税制的结果看，深圳近10多年引进外资并未受影响。1994年税制改革对内外资企业流转税制进行了统一，即内外资企业实行统一的流转税制，将1994年税制改革前对外资企业实行的工商统一税和对内资企业实行的营业税、产品税、增值税进行了统一，不区分企业是否为外资，对内外资企业统一实行增值税、消费税、营业税。从流转税制统一的结果看，内外资企业流转税制的统一并没有对深圳吸引外资造成冲击。
最后，“两税”合并主要造成两方面的外资减少：一部分是假外资。“假外资”是内资实行“税收套利”的产物，是对税率最敏感的外资，一旦税率升高，这些资本一定会立刻撤离；另一部分就是那些专门享受税收优惠的专业户，它们主要是一些低端的加工企业，它们的减少也不会对深圳经济产生冲击，因为它们并不是深圳经济的主体部分，并且，这部分产业的减少也有利于深圳实现产业结构的调整。
（三）对深圳产业发展和产业结构调整的影响。
—对深圳产业结构调整的影响。新企业所得税法是深圳加速产业结构调整的契机。税率的提高，企业税负的增加，对于不具备竞争优势的劳动力密集型、产品附加值低、环保和资源代价较大的一般加工制造企业，它们将逐步向深圳市以外的地区转移，有利于深圳提高资源集约化利用水平，集中发展电子信息、精细化工、生物医药、新能源新材料等优势产业和新兴产业，加速产业结构的优化调整，加快推进发展模式的根本转变。
—对深圳各产业发展的影响。税率的提高和税收优惠政策的变化，必将给深圳各产业的发展带来影响，对深圳的各产业来说，可分为基本不受冲击与有一定不利影响两类。
基本不受冲击的产业有：一是高新技术产业。高新技术产业将继续享受国家的各种税收和产业优惠政策，整体税负水平较低，同时深圳市高新技术产业在技术、环境、制度、产业配套能力等方面优势明显，“两税”合并后对高新技术产业的总体影响不大。二是房地产业。“两税”合并后有利于房地产内外资企业在公正、公平的基础上从事经营活动，有利于提升内资企业竞争力。受到不利影响的产业主要是传统制造业。“两税”合并后深圳传统制造企业的税负将明显提高，在成本升高、利润空间减少的情况下，一部分制造企业的发展将受到一定的不利影响。
制定相应的发展策略
（一）实施适应性战略，提升深圳城市竞争力。针对“两税”合并，深圳应及时调整城市经济发展思维，充分利用通过二十几年发展所积蓄的城市竞争优势和经济实力，创新深圳经济发展模式，实施经济发展适应性战略，即适应企业所得税制度改革的要求，从新企业所得税法框架下寻找对深圳经济发展的有利因素，在充分利用深圳现有的竞争优势的情况下，提升深圳城市竞争力。
（二）着重抓好新企业所得税法的宣传解释工作，做好新企业所得税法实施前的准备工作。税务部门及政府其他相关部门应采取多种有效形式和措施宣传解释新企业所得税法，确保深圳企业能正确掌握和理解新企业所得税法的主要内容，防止和避免社会上对新企业所得税法的非良性宣传，使企业能适应“两税”合并的改革要求，制定有利于自身发展的战略和应对措施。税务部门还应按企业性质和行业对深圳的“老企业”进行统计、调查和摸底等，做好实施前的其他各项准备工作。
（三）充分利用新企业所得税法的过渡性政策，尽量减少实行新企业所得税法对深圳企业产生的不利影响。根据新企业所得税法相关规定，符合一定条件的深圳“老企业”可以享受过渡期税收优惠政策。
（四）利用新的税收优惠体系，调整和优化产业结构。新企业所得税法中规定了一些产业优惠政策，主要包括：对国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15％的税率征收企业所得税；对符合条件的小型微利企业实行20％的优惠税率；企业购置用于环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的投资额，可以按一定比例实行税额抵免；企业综合利用资源，生产符合国家产业政策规定的产品所取得的收入，可以在计算应纳税所得额时减计收入；企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，可以在计算应纳税所得额时加计扣除等等。
深圳市应充分利用新企业所得税法中的产业优惠政策，调整、优化产业结构。
一是大力发展高新技术产业，坚决淘汰高消耗、高污染的低端产业。经过20多年的发展，深圳产业结构中科技含量高的产业比重增加较快，同时传统的劳动密集型产业的地位下降迅速，到目前已经形成了以电子及通讯设备制造业等高新技术产业为主导的优势产业群，深圳应进一步发展高新技术产业，推动并加快产业融合，鼓励企业自主创新，努力发展循环经济，将高能源消耗、污染严重的产业淘汰出去。
二是加快发展高端服务业。高端服务业是现代服务业的核心，具有高科技含量、高附加值、低资源消耗、低环境污染等特征。目前，深圳城市经济发展已到了一个新的高度、新的层次和新的阶段，应适应新的形势，加快发展高端服务业，推进产业结构优化升级，促进产业链和价值链向中高端攀升，实现在资源约束条件下城市经济发展新的突破。
三是引导新兴产业集群。深圳具有一定的经济基础、社会基础，已形成的产业网络、社会网络便于新兴产业集群找到切入点；深圳具有一定的知名度，其品牌虚拟价值对于新兴产业集群中的企业而言是一种公共商品，是一种无形资本和额外收益。深圳应利用这些优势，采取各种有效措施引导新兴产业集群的形成。
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