独立性
独立性是审计免疫系统的首要特性，也是使审计免疫系统区别于其他免疫系统的独特特性。它是审计免疫系统的生命线，是保证审计免疫系统职能发挥的根本保证。独立性能否发挥、发挥到什么程度，直接决定审计免疫系统职能能否发挥以及发挥的程度。
总体来看，在国家经济社会体系中，由于本身的职责与使命，审计本身是一个超越部门利益局限的监督部门。相比各微观主体和行业系统如金融、工业、农业、商业等部门，审计在很大程度上具有独立性，在部门利益上具有较高的超然性。
从独立性的现实保证来看，我国国家审计的独立性主要体现在两个方面。首先是法律地位上的独立性。我国《宪法》第九十一条规定“审计机关在国务院总理领导下，依照法律规定独立行使审计监督权，不受其他行政机关、社会团体和个人的干涉”，从而在国家最高法律的层面赋予了审计的独立地位。《审计法》也对审计机关的权限从实际履行的层面作出了诸多保障。这些都为审计的独立性提供了法律保证。其次是经济上的独立性。目前我国在中央国家审计系统内，通过“八不准”等审计廉政制度和纪律的推行，审计机关在经费上已不依赖于被审计单位，基本切断了与被审计单位的经济联系，从而从经济上保证了审计的独立性。
在实际审计工作中，充分保证、发挥审计独立性的关键，主要在于审计廉政建设的加强和“八不准”等审计廉政纪律的严格执行。
综合性
审计不是国家经济社会体系中唯一的免疫系统，而是一种综合免疫系统或总免疫系统，甚至是免疫系统的免疫系统。从整个经济社会体系来看，在审计免疫系统之外，还存在各种类型的内部免疫系统和行业、系统免疫系统。在每个微观主体（机构主体）内部，都有内部规章制度、内部管理和监督机构等（包括内审、纪检监察机构等），这些在一定程度上发挥内部免疫的功能。在一些系统或行业内，同样存在类似的免疫系统。
审计免疫系统的综合性类似于在看病方面，作为一个综合医生，在医治病人时，不仅关注其本身的病情，及时进行对症治疗，更要关注其内部医生、固定医生对该病人的健康的维护、病患的预防、病症的医治等情况，力争从根本上保证病人肌体的健康。
在审计中，充分发挥免疫系统的综合性，就要有高度的宏观性、全局性意识，善于从经济社会发展的全局、总体的高度出发去考虑问题、开展工作、确定重点。同时，善于在审计与其他部门的联系中去发挥审计的职能，将其他免疫系统纳入到审计免疫系统中来，正确看待审计与公检法等国家其他职能部门、系统、单位的关系，并且妥善处理这些关系。
系统性
审计免疫系统的系统性，包括关注对象的系统性和关注方式的系统性。在关注对象上，具有普遍性的特点，要对国家经济社会体系、各个审计对象进行普遍关注。在关注方式上，主要是指在审计过程中，在对风险、问题进行关注时，更加注重“面”上的情况，注重从普遍性、体制性、制度性、机制性的角度去看待、分析、研究问题产生的原因以及相应的对策。
审计免疫系统就像一个雷达，对国家经济社会进行持续的扫描、关注，时刻关注各种异常情况的出现、重大问题的产生、重要风险的状况等。审计免疫系统的系统性，还类似于在医生看病时，对病人的病症，不仅仅着眼于该病症本身的治疗，还要关注是为什么会得这种病，病人的工作、生活习惯、环境等方面是否还存在一些易于导致这些病产生的必然性的因素，如何更好的保证以后不再患病。
在实际审计工作中，要善于从个别的、“点”的风险和问题上跳出来，把个别的、“点”的风险、问题与更大范围、更为普遍的面结合起来，将问题与原因结合起来，将问题与体制、制度、机制等结合起来进行分析和研究，并相应地提出解决问题、改善管理、完善制度和为宏观决策提供参考的意见和建议。
预防性
审计免疫系统的预防性，是指通过日常的持续性的监督、检查，通过对各种潜在风险、问题的及时防范、化解，通过对各种体制、制度、机制的适当完善、优化，从而防止、避免各种重大风险的爆发、各种严重后果的出现和重大损失的形成，避免经济社会动荡。
随着现今经济社会的发展，规模的日益庞大、复杂程度的不断增加、变化速度的持续加快、影响经济社会运行的因素日益扩充，经济社会体系中潜在的风险越来越大。如果有些风险得不到及时的控制、化解，一旦集中爆发，将对经济社会体系的运行造成重大甚至是致命性的影响。“千里之堤，溃于蚁穴”。在这种情况下，防微杜渐、防患于未然，显得尤为重要。
在目前的审计实际工作中，审计免疫系统预防性的发挥在某种程度上还不够充分。重事后查处、轻事前预防，重既成风险、轻潜在风险，重“救火”、轻防火的情况还比较明显，影响了审计免疫系统职能的发挥。要更好地发挥这种特性，就要大力增强审计的前瞻性，有规划、有准备、有预见地做好审计工作，同时要更加重视对各种潜在性风险、流动性风险的关注和管理。
惩罚性
对于经济社会体系中存在的各种重大风险和问题，必须及时予以反映、揭露并查处，包括严肃追究有关人员的责任，这就是审计的惩罚性。在现实经济社会中，即使经过预防，经过普遍关注、制度完善，也会出现各种各样的风险和问题，出现各种各样违法犯罪、失职渎职的人员，必须予以处理，以防止风险和问题的再次发生。
惩罚性是一种过程性和手段性的特性，是免疫系统职能发挥的内在要求和必要手段，是审计免疫系统权威性的体现和保证，在某种意义上也是对审计其他特性的保证。国家审计是我国行政执法机关之一，根据宪法和法律赋予的职权，审计机关可以通过直接处罚、揭露问题、参与查处等多种方式，发挥惩罚性的作用。
需要指出的是，对审计免疫系统而言，审计的惩罚性是与建设性密切相关的。惩罚本身不是目的，而是手段。所谓“惩前毖后、治病救人”，必须适当地进行“惩前”，才能有效地“毖后”，才能更好地治病救人。在这方面，就像医生对待肿瘤一样，如果经过预防仍然未能防止其恶化，或出于各种原因没有及时发现其发生和扩张，那就必须坚决果断地予以切除。
为了更好地发挥审计的惩罚性，在审计过程中，要注重发挥审计的监督作用，要有“问题”意识。审计对各种风险的揭露，对各种体制制度机制的分析研究等，均要以问题为切入点，才能更好地发挥免疫系统的职能。
建设性
通过揭露、查处经济社会运行中的各种重要风险和问题，尤其是各种体制性、制度性、机制性的问题和缺陷，并促进风险的化解、问题的解决及制度的完善，国家审计能够从根本上、总体上、长远意义上推动经济社会的可持续发展，这就是审计的建设性作用。
建设性是审计免疫系统的终极特性，是根本目标，是审计免疫系统上述特性的体现和发挥。从实现手段来讲，主要通过监督来实现，通过预防性和惩罚性来实现。惩前毖后的最终目的不是惩前毖后本身，而是为了治病救人，为了推动风险和问题的解决、制度体制机制的完善，促进公平、责任和价值观的维持。这就像医生给病人打针、动手术、切除肿瘤、消除病毒等，对病人的不良习惯和环境进行改善的目的，是促进病人的及时康复和持续健康，而不在于治疗本身。
要充分发挥审计的建设性，在审计过程中，要适当增强审计的服务意识，在审计监督中充分发挥审计的服务作用。要警惕并摒弃那些审计特权思想，以及为审计而审计、为问题而问题、为查处而查处等不良思想倾向。要通过上报审计简报信息、发布审计公告，为国家的经济社会决策提供、提出改善经营管理的意见建议等多种方式，充分发挥审计的建设性作用。
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