1.进项购进不实的疑点。该公司财务科长解释，2008年2月购进了一批矿山配件，货款12550元，当月未付款，挂的应付账款。该公司主要经营煤炭购销业务，煤炭的购进大多是现款交易。但在其经营范围内，有时也经营其他业务，例如矿山配件、五金配件等。这些配件大多是当月到货，下月付款，不存在购进不实的问题。
2.运费发票占比过高问题。该公司财务科长解释，主要是集中结算运费、集中开具运费发票所致。2008年2月的运费发票主要是2007年从山西购进的煤炭，运输是从山西运往河北，再从河北运往枣庄。
针对该公司的解释，评估人员认为不足以排除疑点，需要深入企业进行核查，如果有必要可到承运单位进行外调。
实地核查
评估人员按照评估程序送达《税务事项通知书》后，深入到企业进行实地核查。
1.了解真实的购进情况。经查，2008年1月~2月，该公司未购进煤炭。2008年2月购进一批五金材料，不含税10726.5元，抵扣进项税1823.5元。2008年2月不存在购进不实的问题。
2.核实运费发票的真实性、合法性。2007年该公司从山西购进2万吨煤炭，销往河北9437吨，销往枣庄8695吨。该公司只与新泰市某运输队一家运输单位签订了运输合同，运费款项通过银行汇到其账号上。
该公司舍近求远，认定距山西千里之外的新泰市某运输队为其运输。这家运输队有几部车、是否具备营运能力都值得怀疑。且该公司提供不出所运煤炭的过磅单，无法核实车辆的车牌号、车主身份。如果有山西当地的车参与了运输，该公司应该有通过银行向山西车辆支付运费的资金汇款。通过实地核查，评估人员怀疑新泰市某运输队无实际的承运能力，可能涉嫌违规daikan运费发票。
经到新泰市某运输队实地调查，该运输队是个人企业，没有账簿，账务不健全。只有一部车辆，凭自身的运力根本无法完成运费发票所记载的较大数额的运输业务量。该运输队负责人乔某说，给某物资贸易有限公司运输的山西煤炭的车辆具体包括新泰的、蒙阴的，也有山西、河北的车辆，这些车辆挂靠在他的运输队，由他统一开发票。
同时，评估人员还检查了新泰市某运输队的银行结算账户。首先，某物资贸易有限公司将所谓的运输费通过电汇汇到新泰市某运输队的账户上，然后新泰市某运输队又将部分资金分别电汇到连某、张某、杨某所持有的银行卡中，另有部分资金直接电汇到某物资贸易有限公司的银行账户上。经进一步调查，连某、张某、杨某都是该公司职工，说明这部分资金又回到了某物资贸易有限公司。
经检查，新泰市某运输队的银行结算账户没有发现一笔与山西、河北的资金往来。这明显不符合国税发〔2003〕121号文件中关于“挂靠方的经营收支全部纳入被挂靠方的财务会计核算”的规定。
通过以上的内查外调，评估人员进一步向该公司说明疑点，可能存在外地车辆运煤不开票，违规通过新泰市某运输队开票的问题。在评估人员的政策攻心下，该公司承认了相关问题：在山西、河北搞运输的车辆大多是当地的个体车辆，他们无法开发票，于是就违规找到新泰市某运输队，把这部分发票daikan出来，造成违规取得运输发票，涉及抵扣运费进项59958.4元，应做进项转出，补缴增值税59958.4元。
评估处理
在山西、河北从事运输业务的车辆，不符合挂靠新泰市某运输队的条件，因此，新泰市某运输队为山西、河北的车辆daikan发票的行为是违规行为。
经核实，新泰市某运输队不负担山西车辆的任何费用，也无相关的资金往来关系，新泰市某运输队也没有账簿，更没有财务会计核算，明显不符合国税发〔2003〕121号文件的规定。
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