从理论上讲，分税制财政体制能够成功运行的一个基本要求，是各级政府有自己的主体收入，用自己的财力办自己的事情。当前体制采取的财力层层上划，然后再通过大规模的纵向转移支付解决地方财力缺口的做法，一定程度上会使地方政府逐步增强对上级政府的依赖。因此，完善分税制财政体制，解决基层财政的实际困难，核心是确立一级财政，并使这级财政拥有能够基本满足自己需要的自主财力，再辅之以一定的转移支付财力，这样才能做到自己的事情自己办。
财权与事权的统一，是分税制财政体制正常运行的又一基本要求。从现在的发展趋势看，一是中央财政的职责重大，如保持国民经济的持续稳定发展，促进区域经济协调发展，发展高等教育、尖端科技和高新产业，全国性的环境保护，江河湖泊的治理等，中央财政必须要有强大的财政调控能力。分税制体制实施之后的10多年间，逐步提高了中央财政收入占全国财政收入的比重，符合中央财政的财权和事权相对称原则。但同时需要注意的是，我国长期实行的是城乡分离的社会经济体制，“二元结构”非常明显。结果是随着社会主义市场经济的发展，公共财政提供公共服务时在城乡与区域之间存在着一定的非均等化。因此，我国今后要实现城乡社会经济协调发展，在广大农村，财政在供给公共产品方面要弥补历史的欠账和满足新的公共需求，如提供农村社会保障，提高农村医疗卫生条件等，由此，基层财政的任务是非常巨大的。
新公共管理改革的理论中提倡的“扁平化”理念可以被我们的财政体制改革所借鉴。目前，我国实行的是五级财政体制，从运行的情况看可以发现存在一些值得注意的问题：一是由于财政层次过多，影响了各级财政主体收入体系的形成；二是由于财政层次过多，影响了各级财政的事权划分和职责的确立。这种情况影响了分税制财政体制正常运行，也是导致基层财政困难的主要原因之一。从目前的情况来看，已经开始实行的取消乡镇财政，实行乡财县管以及取消市级（地级市）财政对县级财政的管理，实行省级财政直接管理县级财政的改革，效果是比较明显的。这样一来，全国的财政级次变为三级，即中央、省（市、自治区）和县（地级市、县级市）。县级财政成为基层财政，一方面可以减少因为层级过多造成的漏损，另一方面也增强了中央和省级财政的调控能力。所以，完善目前的分税制财政体制，要增加县级财政的主体税种，扩大税收分享中县级财政分享的比例，使县级财政成为真正独立的一级财政，充分发挥其基层财政应有的作用。
按照公共财政和城乡一体原则继续改革农业财税制度
公共财政改革的目标之一就是在广大农村建立与城镇无差别的公共服务体系，实现基本公共服务的均等化。农村的许多公共产品，如基础设施、教育、社会保障等，不仅在属性上与城市公共产品是一样的，而且许多公共产品的受益范围不局限于农村居民，甚至城市居民的受益还要大于农村居民的受益。因此，在供给的方式上也应该采取相同的政策。但现在在公共产品的供给上，存在较大区别，农村的公共产品主要由农民自己负担。这种厚此薄彼的公共产品供给政策，必然造成城乡居民发展机会的不均等。所以，要加大对农村公共产品的供给力度，尤其是目前农村的义务教育、医疗卫生、养老救济等急迫需要的公共产品，要逐步纳入全国统一的公共产品供给体系，以逐步缩小城乡差别，实现城乡社会经济的一体化发展。
需要注意的问题是，在我国现行的财政支出政策体系中，财政与农业的关系，主导的观念是财政支农。而事实上这一理念与发展社会主义市场经济的要求是不一致的。在社会主义市场经济条件下，无论国有经济，还是集体经济、个体经济或者私营经济，都是市场经济的活动主体，都有义务按照国家统一税法的规定，积极主动地向国家纳税，同时也有权利享受国家向社会成员提供的公共产品与服务。因此，不能再按照不同的产业和不同的社会群体来制定不同的财政政策。其实，随着社会主义市场经济的发展，我国的财政政策已逐步从区别性的政策走向共同性的政策，如增值税的转型、统一企业所得税、全面开征个人所得税、财政支出逐步退出一般竞争性领域等。所以，随着经济的发展，今后我国农民应该和城市居民一样同等地享受经济发展带来的由国家财政提供的各种社会福利，这就必然要求彻底抛弃带有区别性的财政支农观念。
目前，我国实行的农村税费改革，其主要目标是减轻农民负担，规范农村分配关系，遏制农村“三乱”现象的发生。从实现我国城乡经济的协调发展和建立公共财政体制的目标出发，还必须继续深化农业财政税收制度改革。首先，应加大公共财政对农业“一般服务支持”的力度。借鉴国外的先进经验，重点扶持农业基础设施建设、农业科研、教育和推广体系建设，同时提高市场信息服务水平，对农业合作组织的发展予以引导和支持。其次，切实解决好乡村债务问题。要制止乡村新债的发生，有计划、有步骤地推进农村债务化解工作，这是解决好基层政府困难的关键所在。第三，进一步加快城乡税制一体化改革进程。按照科学发展观的要求，以建立和谐税收为近期的目标，秉承有利于农业循环经济、可持续发展的思路，切实减轻农民负担，尤其是间接的负担。必须对城乡居民实行同等的税收优惠政策，妥善处理农业生产资料的税收优惠政策，加大对经济欠发达农村地区的税收扶持。从长期来看，在借鉴各国经验的基础上，逐步建立起一个包括货物和劳务税、所得税、财产税在内的城乡统一的新税制。
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