数据安全性差
目前，大量的计算机数据都集中存储于磁、光介质中，一旦发生火灾、水灾、被盗之类的事件，就可能导致全部数据丢失或者毁损；而磁、光介质的保存对环境的要求较高，不仅要防水、防火，还要防尘、防磁，而且对温度还有一定的要求，从而增加了数据的脆弱性。
输入差错的严重性
在信息处理过程中，“垃圾进，垃圾出”，即如果输入数据出 错，以后的处理环节再正确，也只能输出错误的信息。另外，计算机会计信息系统的输入过程较手工系统多了一道程序，即需将人类可读的数据转换为机器可读的代码形式，这一环节无论采用联机系统还是采用批处理系统都可能产生一定的错误，由此使得计算机会计信息系统输入方面的补偿控制更加必要。
程序被非法调用篡改
计算机完全依靠程序进行操作。离开了程序，性能再好的计算机也像没有拐杖的盲人一样。对程序的控制这一在手工系统中不曾有的控制手段在计算机系统中却至关重要。如果对任何人接近计算机系统缺乏控制，则未经授权的人员也可以上机操作，改动程序。同时对于经批准接近系统的操作人员加以限制也非常重要。在历史上，无论国外还是国内，操作人员利用工作之便篡改程序达到非法目的的事件一直屡见不鲜。
现状与要求不相适应
目前，存在的一个普遍现象是计算机专业人员往往不懂会计与审计知识，而用户又对计算机知识知之甚少。系统的开发过程只能由用户提出具体要求，由计算机专业人员进行相应设计。由于用户和审计人员知识背景的差异，往往造成理解上的障碍，使得设计出来的计算机系统不能满足用户的需要。
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