1、思想认识偏差。观念是行为的向导，现阶段，税收信息化建设存在认识误区：一是认识片面化，重“物件”轻 “人件”， 把工作寄托于几件信息设备更新和一些软件的应用上，忽视了人的内因主导和征管改革对税收信息化的加速推进作用；二是思维表层化，对信息化发展规律了解不够，其特殊性认识不足，习惯于用传统的思维模式指导知识经济，难以适应 “以人为本”的信息化内在发展要求；三是期望夸大化，突出地表现在“重内轻外”，既夸大了信息化的外因从动作用，也过高估计了系统内部的信息化支撑作用。
2、投入结构失衡。一方面，信息化建设在投资结构及选择趋向上过分强调专业化，缺乏整体系统性，存在着“重建轻管”、“重硬轻软”、“重网络轻资源”等结构投入误区，使信息系统建设、维护更新与信息资源开发利用难以协调发展；另一方面，具有社会系统功能的税收信息化建设，受部门联动缺失及资金“瓶颈”制约，工作推进呈“内热外冷”、单兵独进情势，难以形成部门互动。加之，投资渠道单一，信息收集、存储缺乏足够资金保障和强大的社会基础支持功能。
3、主体素质欠佳。从内部看，大量、有效的涉税信息因“外网”的缺失难以导入税收“数据库”中 ，信息运行阻断，而短缺的融法律、税收、信息为一身的复合型人才又淡化了科技的推进作用。就外部言，税收信息化是在税务部门积极倡导和社会各部门自觉跟进的互动中一步一步实现的。而目前，除金融、电信外，企业及政府各部门的信息化建设明显滞后，这种信息占有和运用的不对称以及参差不齐的网络办税客体形成了税收信息化负面冲击。
4、技术利用矮化。尽管近年来税务部门不断加大信息化建设，但利用状况仍不乐观，一是范围较窄。现行税收征、管、查各业务模块分工还难以实现科学的职责界定，“机管”还难以替代“人管”。二是水平较低。现阶段，无论是“金税工程”、CTAIS系统模块的运作，还是办公自动化工作，都还存在着“两条腿”走路，“两只手”运行的状况。三是层面较浅。受人员观念、素质和技能等因素影响，县（市）级税收信息化利用多停留于前台征管层次，后台监督整体利用水平偏低、效果也不够理想。
5、制度运转不畅。制度是生产力，更是税收信息化的保障手段。一方面手段软化，目前国家所倡导的“政府上网”工程和“企业信息化”工程整体推进不够理想，税收信息化建设单靠鼓动性宣传和部门强制性推动，而缺乏政策性引导和产业性导向，后续保证能力不足；另一方面制度约束不力，新出台的税收“征管法” 虽然对信息化作了原则性规定，但应当性条款多，约束性惩戒条款少，目前税收与社会各部门的信息协作办法和制度尚处于酝酿阶段，形成制度空缺。
6、配套支持不力。首先，信息源不完整。表现在与税收监管密切关联的工商登记信息、企业编码、银行帐号、个人身份证明等技术标准受现行行业体制和部门法规的制约，既不规范也不统一，既难获取又无法得到利用；其次，信息系统不配套。表现为税收信息化公共支撑环境建设滞后于应用系统开发，内部各业务操作层面与技术应用层面结合不够，造成信息缺乏沟通、系统不能集成、资源不能共享，形成许多“信息孤岛”。
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