党的十五大以来，党中央、国务院多次强调要加快国有经济布局和结构调整。近年来，通过兼并联合、重组改制、关闭破产等多项改革措施和购买的优惠措施使国有经济布局和结构调整取得了初步成效。
根据浙江省人民政府办公厅（通知）浙政办发[2000]105号《转发省教育厅等部门关于加快省属高校校办企业改革若干意见的通知》，省属某高校校办企业，于2001年7月实行公司制改建，评估基准日为2001年12月31日，产权转让日为2002年9月1日，2002年10月15日完成改制并办理工商变更登记，组建成为21位自然人股东和1位国有法人股东持股的有限责任公司。公司改制时依据浙政办发[2000]105号第四条第八款的规定，“省属高校校办企业的国有资产可以资产出售方式进行产权置换。对整体购买且购买时一次性付清价款的，可给予10%的价格优惠。”将国有资产以优惠价（即低于评估价10%的价格）售于这21位自然人股东。公司改制完成后，若干自然人股东陆续出售其所持有的股份。公司要求转让股权的自然人股东自行申报或由受让者代扣代缴股权转让的印花税和个人所得税。有些股东认为股权转让不涉及印花税和个人所得税的范畴，另有些股东认为如果股权是以原评估价格转让就不会有个人所得税产生。因此，公司与转让股权的自然人股东双方在转让时的税收方面产生了争议。
本人认为首先自然人股东转让公司股权涉及印花税和个人所得税问题；其次若部分自然人股东的股权是以国有企业改制时原评估价格转让的，原国家给予的10%优惠部分在2002年改制时是暂缓征收个人所得税，现在自然人股东将股份转让时需计征个人所得税。类似的文件依据有《国家税务总局关于企业改组改制过程中个人取得的量化资产征收个人所得税问题的通知》（国税发[2000]60号）第二条规定，允许集体所有制企业在改制为股份合作制企业时可以将有关资产量化给职工个人：对职工个人以股份形式取得的拥有所有权的企业量化资产，暂缓征收个人所得税；待个人将股份转让时，就其转让收入额，减除个人取得该股份时实际支付的费用支出和合理转让费用后的余额，按“财产转让所得”项目计征个人所得税。由上述规定确定，自然人股东转让改制时获得的股份，应按转让的收入额，减除职工个人取得该股份时实际支付的费用支出（即原评估价的90%）和合理转让费用后的余额，按“财产转让所得”项目计算代扣代缴个人所得税。
由上述国有企业改制后自然人股东转让股权所引起的争议，具体从税收方面浅谈自然人所持股权转让行为。
《中华人民共和国个人所得税法》第六条第五款规定：“财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。”第三条规定：“财产转让所得适用比例税率，税率为20％。”2008年2月18日《国务院关于修改〈中华人民共和国个人所得税法实施条例〉的决定》第二次修订中第八条第九款明确规定：“财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、建筑物、土地使用权、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。”根据上述《中华人民共和国个人所得税法》、《中华人民共和国个人所得税法实施条例》以及《中华人民共和国税收征收管理法》等法律法规的有关规定，自然人股东直接转让其所持有股份有限公司、有限责任公司及其他企业(（统称企业）的股权所得（不含所持上市公司间接股权转让即股票转让），属于“财产转让所得”应税项目，应当以股权转让价减除股权计税成本和转让过程中的相关税费后的余额为应纳税所得额，按照20％的税率计征、申报、缴纳个人所得税。股权转让应纳税所得额=股权转让价-股权计税成本-与股权转让相关的印花税等税费。
一、股权转让价及股权转让过程中的特殊情况
（一）股权转让价
自然人股东股权转让价是自然人股东就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额，以其实际成交价为股权转让价，从中不得扣除任何项目。股权转让对价为实物的，应当按照取得凭证上所注明的价格计算,但凭证上所注明的价格明显偏低或者无凭证的，由主管地方税务机关参照当地的市场价格核定。
如果个人转让股权价格公允，与股权投资成本和合理费用之和持平，不缴纳个人所得税。若股权转让价不公允，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条规定，“纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的，税务机关有权核定其应纳税额”。
自然人股东申报的股权转让价格有下列情形之一，属明显偏低又无正当理由的，主管地方税务机关应当依法核定征收个人所得税：
1．股权转让价低于初始投资成本或取得该股权所支付的价款的；
2．股权转让价低于同一投资企业其他股东同时或大约同时相同或类似条件下股权转让价的；
3．股权转让收益率低于同期银行存款利率的；
4．股权转让所得低于最近一期股利分配所得的；
5．股权转让时投资企业留存收益为正数，股权转让价中没有包含该自然人股东所应享有的份额的，或转让价低于自然人股东应享有的所投资企业所有者权益份额的；
6．主管地方税务机关依法认定无正当理由的，正当理由是指自然人股东所投资企业最近三年连续亏损，或盈利能力持续下降，或迫于自身偿债等财务方面的压力而转让股权等理由；
7．自然人股东与受让人签订无偿转让股权协议，无偿转让股权不包括发生在直系亲属间的转让，主管地方税务机关会深入分析其无偿转让的合理性与可能性，分析其无偿转让股权是否符合理性经济行为及实际情况，调查自然人股东与受让人的关系，分析其无偿转让的动因，并要求自然人股东提供经过法定公证机关公证的无偿转让股权协议。
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（二）股权转让过程中的特殊情况
1．股权成功转让后，转让方个人因受让方个人未按规定期限支付价款而取得的违约金收入。根据国税函[2006]866号文件规定，违约金收入属于因股权转让而产生的收入，转让方个人取得的该违约金应并入股权转让所得，按照“财产转让所得”项目计算缴纳个人所得税。税款由取得违约金收入所得的转让方个人向主管税务机关自行申报缴纳。如果股权没有转让成功，取得的违约金收入不用缴纳个人所得税。
2．股权转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，那么对前次转让行为征收的个人所得税款如何处理。据国家税务总局《关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》（国税函[2005]130号）明确规定：“一、根据《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称个人所得税法）及其实施条例和《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称征管法）的有关规定，股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。”
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