一、现行的会计集中核算管理的不足
现行的会计集中核算管理是近年来为加强财政监督，从源头上预防和治理****而采取的一项制度创新措施。会计核算中心的职责：以会计集中核算为手段、以单一账户为基础，融会计核算、监督、服务于一体的会计委派形式。是在行政事业单位资金所有权、使用权、财务自主权不变的前提下，取消单位的银行账户、会计和出纳，通过会计委托代理记账，对单位集中进行会计核算和实行会计监督。
这些年推行会计集中核算管理的实践证明，这种管理模式在加强单位资金的集中管理、提高会计核算水平、推进廉政建设方面确实发挥了一定的积极作用。但由于其自身地位及管理范畴的局限性，也存在着管理上许多不足之处。
1.会计集中核算缺少法律依托，不能真正发挥对本单位财政支出的监管作用
按照我国《会计法》规定，各独立核算单位均是会计主体，而会计核算中心只是会计代理机构，主要负责记账、算账、报销工作，不能对本单位财务管理发挥更大的作用。从财务活动监管的角度看，会计集中核算基本上只起到事后监督的作用。
会计核算中心与预算单位财务的职责分工难以划清，不利于单位间工作协调
实行会计集中核算制后，会计核算中心负责核算报销等业务，预算单位虽然仍保留着会计人员岗位，只负责按预算向会计核算中心下达拨款计划，只花钱不记账，其会计核算职责和监督职能都移交给会计核算中心承担。预算单位和会计核算中心之间在会计信息资料的统计、分析口径上会产生不一致，预算单位不能及时准确地掌握会计信息，削弱了其财务管理职能，造成财务管理与会计核算的脱节。
此外，实行会计集中核算，不能从根本上解决财政资金大量沉淀在单位账户中、拨付环节多、预算外资金缴纳不及时等资金使用效率低的问题。会计集中核算制存在的以上不足，不能单独依靠提高服务、制定管理办法、加强部门间协调来解决，必须通过进行财政体制改革，才能彻底加以解决。
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