原则水利工程建设项目管理的组织结构，是组织赖以存在、运行并进行管理的框架和载体，是建设项目管理活动正常运转的保证。建设项目管理组织机构与其他生产系统组织机构比较，具有不同的特点。水利工程管理部门必须要对工程组织结构的特点有足够的认识，才能更好的行驶管理职能。同时，还必须要根据一定的原则对各部门进行科学的协调，保证部门间工作效率的有效提升。
1 建设项目管理组织结构的特点
①工作过程复杂，实现目标单一。通常情况下，保证实现投资项目建设全过程的高效运转，是建设项目管理组织机构设置的基本目标。复杂多变是投资项目管理的特点，纵横交错的工作内容，使得水利项目的组织机构比其他一般生产组织机构复杂。从纵向上看，机构必须要跟企业，或者其主管部门及时沟通联系，同时还必须建立科学的下属组织的协调系统；从横向上看，项目组织要与勘察设计单位、投资者、施工单位、物资供应商以及与水电供应、道路使用等各部门，建立起良好的关系。而且，还要与司法、保卫、安全、绿化、环保、文物等部门，进行适当的协调。只有有计划、有组织地协调好经济、行政、人事等关系，才能得到各方的理解与支持。这也是保证使项目按预定计划顺利实施的关键所在。
②项目组织机构具有临时性。一般来说，水利项目组织机构的设立，都是临时性的，这是因为投资项目具有一次性的特点。总体来说，其设立、解体或转变，都是与项目的发展变化为依据的。很多时候组织机构从设立时起就是临时机构，一般都是在项目建成后，就移交给相关的运行管理部门。即使是聘请专业化的管理单位从事项目建设管理，以社会化大生产的组织方式组织，该单位针对具体项目，建立的管理机构也依旧是临时性的。
③组织精简和形式多样。一般来说，组织机构的构成是精于高效的，因为大多数投资项目规模大、周期长和环境复杂多变，千篇一律的组织机构，很难应付各种环境下的项目建设，因此，就决定了其多样化的特点。
2 建设项目管理单位组织结构设计的原则
项目成败的关键取决于项目组织的效能高低。是项目组织机构的只有顺利的组织其各方力量，才能顺利的完成项目的建设管理工作。通常情况下，项目组织机构的设置是按照项目的特点、外部条件来确定的，而不是固定的。不过，无论采用何种组织形式，都要以项目的稳定、高效地运行为基础，选择和确定项目的组织机构。建立项目组织可以按以下原则进行。
2.1 法治原则
法制原则是建设项目管理单位首选必须要遵守的。也就是要求其要依法成立，依法运行。设立条件、程序，以及人员管理及组织的职能等都要符合法律的规定。
2.2 效率原则
水利工程建设项目管理的效率主要体现在3个方面：机构内部运行的速度高；机构工作的质量高；机构与外部环境物能交换的效率高。根据管理学原理，提高组织机构的效率，要注重解决好以下3个方面的问题：
①专业化的分工。通常情况下，效率与专业化程度的提高成正比。不同的专业，要求其人员运用相应的专业知识，但从管理角度来说，个人的知识、能力是有限的，通常很难适应不同专业的要求。这就决定了组织机构的设立必须要根据员工所掌握的专业知识进行分工，实现专才专用。
②管理幅度和管理跨度相统一。根据项目特点确定科学的管理幅度与跨度，是决定项目管理组织机构设置、人员编制是否科学的标准。一般来说，大型项目管理单位的设置，是要分为几个层次的，所以都要保证每一个层次都能，维持一定的工作跨度，这样可以方便各级领导集中力量在职责范围内实施有效的管理。
③人员编制的设置标准。各种职位、职称总额的控制，都是要以提高效率为基准，从精简的原则出发。
2.3 系统与协作原则
项目管理是一个整体，由众多系统组成的，各个系统之间、系统内部各单位之间互为边界，同时又互为约束，因此，项目组织只有形成一个完整的组织结构体系，即各业务科室的职能之间要形成一个封闭性的相互制约、相互联系的有机整体。而所谓的协作原则携就是要在专业分工和业务系统管理的基础上，实现各部门的分目标与单位的总目标的相适应，保证各个机构在职责和行动上实现联动功能。
2.4 平衡原则
①任务、岗位、人员的平衡。项目管理目标的实现是项目管理组织机构设置和人员编制的根本原则之一。因此，必须根据目标需要设置人员构成，通过办事职责范围确定人员编制的多少，必须坚持按岗定人，以责授权。但是，目前对于事业单位项目法人，单位基本没有独立的人事权，再加上我国的人力资源市场还不健全，“因人定岗”在项目单位中普遍存在。因此，要做到这一点，还需各方的努力。
②分工与协调、合作的平衡。分工着眼于专业，协调与合作着眼于整体。分工要注意协调、合作；协调、合作则以分工为前提。组织结构的设计需求得两者之间的平衡。基层部门及技术部门可偏向分工，中层以上部门则须顾及协调、合作，经理及其班子更要注重以整体利益为重，通过协调求得平衡。
③权力与责任平衡。有权必有责。处理人、财、物资源要依靠权力的力量，而完成工作需要责任的推动。履行责任须以权力为前提，赋予权力是为达到要求。保持权力与责任的平衡，就是要避免权力小、责任大，无法履行责任的情况。也要避免权力大、责任小，导致下属滥用职权的局面。
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④业绩与报酬平衡。保持员工的报酬与其业绩平衡，是进行组织结构设计时要考虑的。水利工程建设项目企业法人组织内部员工的报酬或内部分配机制，应该要体现按劳分配、多劳多得的原则，使得报酬与责任、绩效挂钩。
2.5 以人为本的原则
重视人，不仅是现代管理科学与传统管理理论最主要的区别，也是其最大的优势所在。人是一切活动的主体，组织机构的设置，也需要在关注人的心理和生理特点的基础之上，实现人与人之间的相互交往和沟通。随着社会的进步和发展，现代管理科学要求在符合人性的基础上，实现效率的提升。如果处理得好，符合人性的组织结构，往往可以极大的提高效率，而且还是长期的效率。
2.6 适应环境原则
任何组织都是一个生命体，这是现代管理科学的理念。我们知道，环境系统中，宏观环境、行业环境、组织内部条件的任何变化，都会对组织结构产生影响。这就是说组织结构需要依据变化环境进行相应的调整。同时，必须强调的是，组织与环境的平衡是动态的，组织设计时要保持组织的弹性，保持人员编制的机动。当然，这对水利工程建设项目来说，是有一定难度的。
3 结语
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综上所述，水利项目建设管理单位的组织结构具有一定的独特性，管理部门只有掌握这些特点，才能更好的遵循管理组织结构的组织原则，才能保证整个管理组织是科学有效的，才能保证工程管理的顺利进行。
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