显性税收是纳税人直接支付给税务机关的税款。之前的讨论都是关于显性税收问题，但实际上还存在着隐性税收。隐性税收是不享受任何税收优惠的债券(完全应税债券)和享受税收优惠的己风险调整的资产(例如享受税收优惠的国债)之间的税前收益差异。
隐性税收源于享受税收优惠的资产获得的税前收益率低于那些不享受税收优惠的资产获得的税前收益率。在一个给定的市场环境当中，不存在税法的限制和交易成本，两种资产的初始税前投资回报率相同且均为无风险资产，所不同的是他们面临着不同的税率。由于一种资产的税前回报率高于另一种资产，因此会吸引投资投向税收待遇较为优惠的资产，从而使其价格上升，投资回报率下降，直到两种资产的税后投资回报率相同，这种趋势才会停止，实现均衡。从纳税人的角度看，降低的这部分税前收益相当于缴纳了部分税收。
定义Rb为己风险调整的不享受任何税收优惠的债券的税前收益，Ra为享受税收优惠的资产的已风险调整税前收益，则隐性税收为Rb一Ra。用隐性税率Y来表示隐性税收，那么Y=1一RaXRb。例如，设完全应税债券的税前收益率为10%，已风险调整的免税债券收益率为7%，则隐性税率Y为30%。虽然投资者持有国债获得的利息不需支付任何显性税收，但相应地，获得的税前收益率也较低，从投资者角度看相当于隐性地按30%的税率缴纳了税收。
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