与其他事业单位改革一样，公立医院体制改革明显受到国有企业体制改革模式的影响，缺乏成熟的总体战略，缺乏体现自身行业特点的组织与制度创新。公立医院作为“可部分由市场配置资源”的“从事公益服务的事业单位”，应根据推进政府职能转变，建设服务型政府的要求，依法推进政事分开。
在我国建国以后形成的传统中，“事业”特指“没有生产收入”、“所需经费由国库支出”的社会工作。事业单位则是指没有生产收入、经费由国家开支、不实行经济核算，提供非物质生产和劳务服务的社会组织，主要包括科学、教育、文化、卫生和体育等部门和单位。
事业单位的特点在于：其活动性质和目的，是国民经济、人民文化生活、促进社会福利等服务活动，不以为国家积累资金为目的；多从事教育、科学、文化、卫生等活动；在经费来源和管理方式方面，由国家机关举办或其他组织利用国有资产举办，并且不进行经济核算。但改革开放以来，随着相关改革的推进，事业单位前述的各项标准之间出现了脱节，事业单位的范围变得庞杂与混乱。
《中华人民共和国民法通则》第3章第3节第50条规定，“具备法人条件的事业单位、社会团体，依法不需要办理法人登记的，从成立之日起，具有法人资格；依法需要办理法人登记的，经核准登记，取得法人资格。”《民法通则》将法人分为企业法人、机关法人、事业单位法人和社会团体法人，公立医院就属于事业单位法人。1980年代中期以后，中央政府有关部门和许多地方政府对事业单位进行的以放权让利为核心的微观体制改革，在一定程度上改善了事业单位的财务状况和职工收入，调动了事业单位及其职工的积极性，缓解了各级政府的财政压力。
与其他事业单位改革一样，公立医院体制改革的方向总体是市场取向的，而且明显受到国有企业体制改革模式的影响，以解决现实问题为直接目标，缺乏成熟的总体战略，缺乏体现自身行业特点的组织与制度创新。
公立医院制度的现况，也是我国事业单位改革中蕴藏问题的缩影，问题至少表现在两个方面——
1.放权过度，约束不足
对公立医院的业务活动自主权下放过度，业务活动内容与方式过分自由，既无明确的前期计划审核，也无有效的事后绩效评估，导致许多活动偏离了公共利益的需要。
例如，我国公立医院的大规模借贷、大规模基本设施建设和大型仪器设备购置已成普遍现象。而公立医院进行股份制改造以引入社会资本，实际上已超出医院管理者作为代理人所应拥有的权限，也与公立医院的性质相悖。
2.逐利倾向明显
在中国事业单位改革的过程中，往往把事业单位视为与企业单位等同的“经济人”，事业单位从“行政化”变为“企业化”，从而降低了公共服务的质量。
造成上述现象的重要原因是国家出于缓解财政压力的需要，允许事业单位创收。而对于创收活动的内容、收入比例以及用途，几乎没有任何限制，创收收入大量转化为员工收入和福利。政府财政预算卫生支出比例由1980年的36.2％下降到1990年的25.1％，这一比例在2000年进一步降为15.5％。公立医院在财政投入减少的情况下，全面趋利化，重视机构利益，忽视、背离甚至损害社会公益目标。
“事业单位”应与“公共利益”或“公共服务”联系在一起，它是在经济社会发展中提供公益服务的主要载体。应将事业单位定性为以提供公共服务为目的、根据公法或特别法规定具有相对独立性的行政组织。根据2011年《中共中央、国务院关于分类推进事业单位改革的指导意见》，将现有事业单位划分为承担行政职能、从事生产经营活动和从事公益服务3个类别。公立医院作为“可部分由市场配置资源”的“从事公益服务的事业单位”，应根据推进政府职能转变，建设服务型政府的要求，依法推进政事分开。同时理顺政府与公立医院的关系。卫生行政主管部门及其他行政部门应加快职能转变，创新管理方式，减少对公立医院的微观管理和直接管理，强化制定政策法规、行业规划、标准规范和监督指导等职责，进一步落实事业单位法人自主权。
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