近年来盗掘恐龙蛋化石行为时有出现，司法实践中对该行为进行惩治时出现了一些疑难问题，笔者认为对此应采取以下措施:
(一)在法律层面明确恐龙蛋化石的“身份”。对恐龙蛋化石是否是古脊椎动物化石一直存在争议，我国法律或行政法规也无明确规定。实践中，大多依据1999年3月12日国土资源部地质环境司下发的对湖北省地矿厅《关于恐龙蛋化石归属问题的复函》，将恐龙蛋化石作为古脊椎动物化石对待。但因该复函的性质不是法律、行政法规、立法解释、司法解释，仅依据该复函对某行为进行定罪将违背罪刑法定原则。笔者认为，恐龙蛋化石属于古脊椎动物化石，应当对其进行保护，但应通过立法对该问题予以明确。
(二)对与盗掘恐龙蛋化石行为相关联的数行为定性问题。1.为盗掘恐龙蛋化石而非法制造、买卖爆炸物品的罪数认定。笔者认为，为盗掘恐龙蛋化石而非法制造、买卖爆炸物品的，构成牵连犯，其目的行为和手段行为分别构成盗掘古人类化石、古脊椎动物化石罪和非法制造、买卖爆炸物罪，择一重罪论处。
2.盗掘恐龙蛋化石后又出售、走私的罪数认定问题。此问题分为盗掘后出售和盗掘后走私两种情况。(1)对于盗掘恐龙蛋化石后出售的行为，有人认为构成倒卖文物罪。笔者认为，出售不等同于倒卖，倒卖是指为谋取利润而买进卖出的行为。而盗掘并实际取得恐龙蛋化石不是买进的行为，在盗掘之后将其出售由于缺少买进的行为，自然也不属于倒卖行为，不能构成倒卖文物罪，因此，如果出售的恐龙蛋化石不属于珍贵文物，并且买受人不是外国人，单纯的出售行为不构成犯罪，只能依据刑法第328条以盗掘古人类化石、古脊椎动物化石罪论处。(2)对于盗掘恐龙蛋化石后又走私的行为，有观点认为，该行为属于牵连犯，其目的行为和方法行为分别触犯走私文物罪和盗掘古人类化石、古脊椎动物化石罪，主张从一重罪论处。也有观点认为，“古脊椎动物化石不属于文物。在走私罪一节中，也未规定走私罪的对象包括古人类化石和古脊椎动物化石。因此，对盗掘古人类化石、古脊椎动物化石后走私的，只能以盗掘古人类化石、古脊椎动物化石罪论处。但倒卖或走私行为可作为量刑情节予以考虑。”对此两种观点，笔者均不赞同，因为盗掘恐龙蛋化石和走私恐龙蛋化石是两个独立的行为，盗掘的目的并不一定是为了走私，因此二者并非手段与目的的关系，应当分别以盗掘古脊椎动物化石罪和走私文物罪定罪，予以数罪并罚。
(三)恐龙蛋化石真伪、价值应经过权威鉴定机构鉴定。刑法规定须是“国家保护的具有科学价值的古脊椎动物化石”才是刑法保护的对象。而上述复函确定将恐龙蛋化石一概比照三级文物进行保护缺乏科学性。因为恐龙蛋化石种类不同、年代不同，其科考价值当然也就不同。因此，进行定罪时，对恐龙蛋化石真伪及价值应经过权威鉴定机构鉴定。
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