在市政公用事业或公共工程的特许经营领域，一旦政府成了特许经营的实施主体或特许经营协议的缔约者，那么政府特许经营协议是属于行政合同还是民事合同，对此问题，理论界观点并不一致。有人认为，政府特许经营协议应该是私法契约；也有人认为是民事契约，还有人将政府特许经营行为分为两段，前半段的招标与决标行为，涉及到厂商的投标资格及国家资源的充分公平分配问题，公法性质突出，因而是公法行为；而契约的缔结、履行等行为，则是私法行为。这种观点虽有一定道理，但由此而生的法律问题难以解决。因为同一政府特许经营协议，若前阶段的招标决标与后阶段的缔结履行法律性质不同，而适用不同的司法程序、甚至不同的法院来管辖和评价，不但不能从根本上消除人们的认识分歧，而且会引发更大的争议。
笔者认为，政府特许经营实质上是一种特殊的行政许可。首先，政府特许经营协议主体的特定性主要表现为协议主体资格的特定性。政府特许经营协议是在行政主体实施行政管理活动的过程中形成的，其设立、变更和终止，原则上离不开行政主体的活动，合同中有一方为行政机关，另一方为有一定资质的单位或组织而不是普通的自然人或法人，合同双方主体地位是不平等的。所以，这种协议的主体必然是特定的。我国的政府特许经营在《中华人民共和国行政许可法》中已能找到直接而明确的依据。根据《中华人民共和国行政许可法》第12条第（二）项的规定，“有限自然资源开发利用、公共资源配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项”，可以设定行政许可。为使此项规定得以实现，《中华人民共和国行政许可法》第53条又作了进一步规定，据此，行政主体实施上述事项的行政许可，应当通过招标、拍卖等公平竞争的方式作出决定，具体程序，依照有关法律、行政法规的规定。行政主体按照招标、拍卖程序确定中标人、买受人后，应当作出准予行政许可的决定，并依法向中标人、买受人颁发行政许可证件。行政主体违反此项规定，不采用招标、拍卖方式，或者违反招标、拍卖程序，损害已中标人合法权益的，已中标人可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
市政公用事业特许经营的客体是涉及国计民生的公用事业，并非一般的投资项目，具有极强的公共性、公益性，对特许经营的投资经营者的选择及特许经营区域的划分及确定，属政府对公共事务的管理，应由政府根据本地实际情况来决定，不宜由人民法院通过民事或者行政审判方式来裁决确定经营者。否则，则构成司法权对行政权的干预。
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