修改后的刑诉法在新增设的“特别程序”一编中明确规定了“犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得的没收程序”，简称违法所得特别没收程序。这一程序的设立对于健全与完善我国刑事没收制度，加强贪污贿赂、恐怖活动犯罪资产的追缴，预防与惩治这类犯罪具有十分重要的意义。笔者认为，检察机关应注意把握好该章中重点内容细化及所涉关系的理解与应对:
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第一，提出违法所得没收申请的条件。(1)“贪污贿赂犯罪等重大犯罪案件”中“重大”的标准需统一和明确，如对涉案金额作出限定;此外，还可规定为涉及民生民利且在当地影响恶劣或容易引发群体上访的涉农犯罪案件;对发案单位生产、经营等有重大影响的犯罪案件;其他重大贪污贿赂犯罪案件。笔者认为，对“重大”标准的细化有助于各级检察机关反贪部门的具体执行和把握，且上述对“重大”标准的理解除了在犯罪数额上作了限制以外，对犯罪所产生的严重社会危害结果也纳入了考虑范畴。
(2)“违法所得及其涉案财产”应为刑法第64条规定的没收范围:“违法所得”应指因实施犯罪活动而取得的一切财物，“其他涉案财产”应指与犯罪有关的款物、供犯罪所用的本人财物以及违禁品。同时，笔者认为，查封、扣押、冻结不是对该程序提出申请的必要条件，也就是说即使检察机关因特别原因未对上述财产进行有效控制的，也可向法院提出没收申请。
第二，违法所得没收程序的适用范围。涉及到法律适用效力的问题，笔者认为该程序不仅适用于修改后的刑诉法生效后犯罪嫌疑人、被告人逃匿或者死亡的案件，也适用于犯罪嫌疑人、被告人在修改后的刑诉法生效前已经逃匿或者死亡但正在查办尚未作出结论的案件。该程序的设立对案件性质的认定无任何影响，同时也在一定程度上避免部分犯罪嫌疑人或被告人利用“空白期”进行财产转移、潜逃来规避法律。
第三，违法所得特别没收与定罪量刑的关系。(1)违法所得特别没收程序的设定表明对涉案款物的没收并不以对具体行为人的定罪为前提。在犯罪嫌疑人、被告人死亡或者长期潜逃的情况下，侦查机关查清涉案款物的去向往往会遇到各种障碍，因而事实上难以满足事实清楚、证据确实充分的要求，所以刑事审判对证明标准的要求无须像对被告人定罪那样严格，只要满足“优势证据”的证明标准即可。
(2)违法所得特别没收程序的结果与具体行为人的定罪无必然联系。该违法所得特别没收程序启动后，无论法院裁定涉案款物没收与否，法律对其均设定了救济程序，即犯罪嫌疑人、被告人的近亲属和其他利害关系人或者人民检察院可以提出上诉、抗诉。
第四，对涉案款物的特别没收与侦查机关的关系。违法所得特别没收程序结果存在以下两种情况:一是法院裁定对涉案款物予以没收;二是法院裁定驳回申请。针对第二种不利于检察机关的后果，侦查机关要解除查封、扣押、冻结措施，在一定程度上对检察机关反贪部门的侦查行为存在影响，但仅是对现有情况下证据的一种否定。当犯罪嫌疑人、被告人归案后，或证据发生变化，检察机关依然可以提出没收申请，由于前期涉案款物已经法院公告，其保管地点、保管人员已经予以公示，所以犯罪嫌疑人、被告人或家属即使转移财产，但是其原有的登记记录无法消除，所以追赃仅是时间的问题，对检察机关反贪部门后续侦查行为的影响不大;对于因侦查机关取证问题导致没收裁定作出错误的，要承担财产返还及赔偿的责任，这是对检察机关启动该程序的一种限制。
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