审计机关分管领导担任审计组长，有利于审计项目的实施。一方面，审计项目实施过程中存在的困难和问题，特别是协调解决人力、物力、财力其他审计资源合理配置问题，审计组一般工作人员是难以解决的。审计机关分管领导担任审计组长后，便于审计组人员及时反映情况，加强审计成本管理，及时为审计组排忧解难，为审计项目的实施创造条件；另一方面，审计组如遇到重大情况需要采取相关措施时，便于及时给领导汇报，然后确定是否继续实施和怎样实施。
尽管审计机关分管领导在基层经济责任审计中是十分必要的，但也存在不少缺陷。主要表现在：分管领导担任审计组长的情况下，其质量控制职责实际多由“主审”担当，但是《审计机关审计项目质量控制办法（试行）》并没有规定“主审”的质量控制责任。因此，这种做法不利于增强“主审”的责任意识，充分发挥其主观能动性，无论对于领导还是“主审”，都是很不适当的。针对上述情况，笔者认为审计机关分管领导担任基层经济责任审计项目的审计组长，要把握好以下重要环节：
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第一，要科学划分好审计组长与副组长（主审）职责，搞好授权委托。由于审计组长是审计机关任命的，对审计机关负责，主审是审计组长委托的，只对组长负责，对审计机关没有效力。因此，审计机关下达审计通知书时，要至少明确一名有资格的审计人员担任审计组副组长（兼主审）。除审计组长应负的主要责任外，在委托书中要明确审计组副组长（主审）的职责和权限。审计实施过程中，如没有特殊情况，对于审计组遇到的重大问题需及时请示审计组长，不要擅作主张；审计组副组长对于审计组长的指示要及时记录备查，便于分清责任。
第二，审计组长要对审计实施方案严格把关。审计实施方案是审计组为了完成审计项目任务，从发送通知书到处理审计报告全过程的工作安排。审计组长要对审计项目的编制依据、审计目标的恰当性，重要情水平和审计风险，审计范围、审计内容和审计重点等内容进行严格审核。重要经济责任审计项目的实施方案，还须由审计业务会议集体审定。实施方案的调整和修改，应按照相应的权限和程序严格审批。
第三，审计组长在实施审计项目时要关注重点部位、重点环节，增强指导性、前瞻性和实效性。要处理好审计组长与副组长（主审）的关系，保护和发挥好审计组副组长（主审）的积极性，审计机关分管领导要抓关键、议大事，精力要放在重点部位、重点环节。如：主持开好审计进点会、及时交换审计意见、安排审计组与被审计单位人员谈话、接待被审计单位领导反映情况和和相关谈话、汇报有关重大事项并及时处理、监督好审计组成员遵守廉政规定和审计工作纪律等重点部位上，才能站在更高的层次上履行好职责，增强工作工作的指导性、前瞻性和实效性，切实提高审计质量，防范和化解审计风险。
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