1．核心自主知识产权问题
企业要想在该项目中取得满分，就必须在过去三年内取得至少1项发明专利或6项其他知识产权。但知识产权的数量与技术的先进程度不一定是正相关的，因为企业可以通过购买增加拥有的知识产权的数量，却并不能直接提高技术水平。《办法》并未明确企业的知识产权必须是一直拥有还是曾经拥有即可，如果企业取得了知识产权，又在过去三年期间内将其转让，这种知识产权是否计算在内呢？
所以笔者认为，对于该项指标的考量，只要企业对主要产品（服务）拥有核心自主知识产权，并且在申请高新技术企业时，知识产权依然在有效期内就可以。而不能把期限和数量作为判定企业是否为高新技术企业的重要指标。当然，这并不否定对于拥有知识产权数量多的企业，也可以作为加分因素予以考量。
2．科技成果转化数量问题
企业要想在该项目中取得满分，必须在过去三年内平均每年转化科技成果达到4项以上（不含4项），这就意味着企业在过去三年转化的科技成果总量至少应达到13项（针对持续经营达到3年的企业）。同时《指引》中还规定：“此项评定可计入技术诀窍，但价值较小的不算在内。从产品或工艺的改进表现来评定技术诀窍等的价值大小。”就发明专利而言，从申请到取得证书，需要2年多的时间，如果企业是在过去三年内取得的发明专利，则必须在3年前提出申请，而且可能在提出申请之时就已转化为产品了，那么企业在取得发明专利当年，能否将此计算为科技成果转化的数量？而对于技术诀窍，其价值的大小又如何定量判断呢？
笔者认为，只有实现产品销售，才能真正体现科技成果的价值。因此，对于该项指标，要求转化的数量完全可以降低，至于是知识产权还是技术诀窍（无论价值大小），大可不必太关注，只要转化的结果有收入实现就可以。
3．成长性指标问题
企业要想在该项目中取得满分，就必须确保总资产增长率和销售增长率都达到35%以上。根据《指引》中提供的具体核算公式，总资产增长率＝1/2×（第二年总资产额÷ 论文检测天使-免费论文检测软件http://www.jiancetianshi.com
第一年总资产额＋第三年总资产额÷第二年总资产额），我们很容易发现，企业要取得较高的增长率，可以增加第三年的数额，降低 论文检测天使-免费论文检测软件http://www.jiancetianshi.com
第一、第二年的数额。为最大限度防止企业操纵财务指标，可将总资产增长率调整为固定资产增长率，计算公式可调整为：固定资产增长率=（第三年固定资产额＋第二年固定资产额 论文检测天使-免费论文检测软件http://www.jiancetianshi.com
第一年固定资产额×2）÷ 论文检测天使-免费论文检测软件http://www.jiancetianshi.com
第一年固定资产数额÷2。
对于那些长时间持续经营且规模较大的成熟企业，其总资产和销售额的基数比较高，哪怕实现1%的增长，其绝对值也会相当大，要保持35%以上的增长率的确是勉为其难。所以，对于增长率的比例，可按近三年企业平均资产数额设置不同的增长指标，避免所有企业“一刀切”。原则上，平均资产总额低的企业，近三年的增长率指标高；平均资产总额高的企业，近三年的增长率指标低。
4．销售收入界定问题
按照《指引》规定，销售收入应包括产品收入和技术服务收入，而技术性收入包括技术转让收入、技术承包收入、技术服务收入和接受委托科研收入。由此可见，销售收入不含技术转让收入、技术承包收入和接受委托科研收入。但在实际工作中，未执行企业会计准则的企业很可能把技术承包收入、技术服务收入和接受委托科研收入均计入“其他业务收入”，把技术转让收入计入“营业外收入”，造成企业销售收入的具体数额难以确定，影响销售收入增长率等指标的计算。
所以，笔者认为应直接把销售收入界定为产品销售收入与技术性收入之和，或者直接把销售收入界定为主营业务收入与其他业务收入之和（对于执行新会计准则的，直接界定为营业收入）。如此，理论和实务实现了统一，既便于企业理解，也便于专家鉴定。
5．研发费用界定问题
按照《指引》规定，企业发生的研发费用包括内部研发费用和委托外部研发费用。按照《办法》规定，企业过去三年发生的研发费用中，中国境内发生的研发费用总额占全部研发费用总额的比例不低于60%。那么，对于企业发生的内部研发费用，如果设计是委托境外机构进行的，而且有明确的设计合同，该项费用应属于内部研发费用还是委托境外机构发生的研发费用？笔者认为，政策制定的本意是鼓励企业尽可能在境内发生研发支出，因此，只需对中国境内发生的研发费用重新界定即可避免同一费用可能有境内和境外不同归属的尴尬，如可以把中国境内发生的研发费用界定为所有在境内发生的研发费用总额。
另外，《办法》还规定，最近一年销售收入在2亿元以上的企业，过去三年的研发费用总额占销售收入总额的比例不低于3%。假设某家企业过去三年销售收入分别是10亿元，11.5亿元和13.225亿元，销售收入中有70%属于外购产品成本，30%属于本企业的科技成果收入。不难算出，该企业在过去三年的研发费用总额不能低于1.04亿元。如果该企业主要依靠人员和电脑进行研发，则研发费用很难达到上述指标。那是否意味着企业研发投入不够，不符合高新技术企业的条件呢？显然不是。原因就在于销售收入中的70%本来就属于企业的成本，把该部分成本再作为核算研发费用的基数明显不合理。同时对一些规模大且成长性好的高新技术企业而言，由于收入基数太高，收入只要增加，研发费用就要同步增加，但实际上，企业是不可能无缘无故增加研发费用支出的，而一旦不能达到规定比例，企业就无法再次被认定为高新技术企业。
笔者认为，对于研发费用应占的比重，可考虑用毛利润替代销售收入。即根据最近一年的毛利润数额，确定企业近三年研发费用总额占毛利润总额的比例。经过调整，把直接成本从核算基数中剔除，从而有效降低企业研发费用的负担，促进高新技术企业持续健康发展。
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