跟踪审计参与项目建设的全过程，能够及时发现问题，及时提出整改措施和建议，促进被审计单位完善相关规章制度，有效控制投资成本及规模，提高资金使用效益。为充分发挥跟踪审计的作用，使跟踪审计从静态向动态转化，跟踪审计的策略有待研究和探讨。
1 创新跟踪审计程序和审计组织的方式
1.1 创新跟踪审计程序，完善档案管理
常规审计程序基本上是难计划确定审计项目，发出审计通知书后，进行审前调查后制定和审批实施方案，接着按照实施方案现场审计，然后撰写审计报告并征求被审计单位对审计报告的意见，最后审计机关审定审计报告并作出审计决定等。但跟踪审计程序往往不完整，比如针对恢复重建项目进行跟踪审计的阶段性审计通报，并不是等审计结束才出具，比如，对跟踪审计中发现的问题要求被审计单位及时整改出具审计意见等，也存在程序不完整的问题。这就需要我们针对新情况，在保证审计质量的前提下整合相关程序，灵活制定符合被审计项目的程序，并报批准即可。
审计署在跟踪项目时，阶段性审计结束后，都要归档整理相关资料，对审计发现的主要问题、跟踪审计建议、审计建议采纳和整改情况都要建立专门的档案，并总结经验和教训。对于通过整改仍然存在的问题或产生的新问题，要进一步分析，提出解决方案或将其作为下一阶段设计的重点。
1.2 创新跟踪审计人员组织方式，灵活运用审计方法
跟踪审计与审计事项发展过程紧密联系，使得审计人员需要对审计事项发展各个阶段的内容有更深、更广泛的认识，从而对审计人员素质提出了更高要求，这一进一步加剧了审计资源的短缺。因而，合理配置以人力资源为主的审计资源，创新组织方式，在跟踪审计中尤为重要。
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第一，可以设立跟踪审计项目组，组长、主审相对稳定。审计组除组长和主审保持稳定外，其余审计人员根据各阶段审计目标和审计重点，在部门内部组合，抽调不同处室的相关人员构成。
第二。，跟踪审计涉及项目可定性研究、初步设计、建筑工程、资金使用、项目质量、环境保护、土地利用等方面，这对审计机关人员的知识结构和实践经验提出了新的挑战。这就需要具有较高的业务素质和政治素质，提高工作水平。聘请中介机构可以实行招投标制度，实行市场竞争，确保聘请的审计机构具有较高的业务素质，同时要建立中介机构信息库，对在跟踪过审计实施过程中表现优异和突出的要优先予以考虑。
第三、创新审计方法，跟踪审计要坚持“突出重点、明确责任、防范风险”的原则，采取灵活多样的审计方法，对于小型的维修、新建、改扩建工程可以采取“重点介入法”和“实时介入法”相结合的跟踪审计方法，对于投资规模大、社会影响大的政府投资项目，可以采用“全程介入法”跟踪审计。
2 有效把握政府投资项目跟踪审计重点和难点
2.1 政府投资项目决策阶段的跟踪审计是保证审计质量的前提
这一阶段跟踪审计的重点是评价建设项目的可行性以及项目规模的合理性，是否符合国家的产业政策和发展方向，同时可以参照同类完工项目的建设和生产资料。结合当前市场的发展趋势。全面客观分析项目的经济合理性。但是提前介入建设点位很可能要审计部门对相关问题进行表态，此时表态可能破坏审计的独立性，也有干扰建设单位进行正常建设活动的可能，因为审计部门出具的相关审计文书，涉及建设单位的切身利益，具有一定的审计风险。所以要谨慎处理好相关敏感问题，把握跟踪审计的介入深度。
2.2 政府投资项目设计阶段的跟踪审计是控制投资规模的关键
这一阶段跟踪审计的重点是设计招标、工程概算及施工图预算。设计招标是择优选择规划方案以及施工图的设计单位，此阶段主要是配合建设单位就设计单位资质、招投标程序、设计任务书的内容、设计的质量和深度是否满足要求进行审查。工程概算及施工图预算阶段主要是运用价值工程理论，对设计方案进行优化，提出合理化建议，以最大限度发挥投资效益，确保概算的编制科学合理合规，要使工程的投资控制在计划投资额内。
2.3 政府投资项目施工阶段的跟踪审计是保证工程质量的根本
2.3.1 施工招投标阶段
主要是审查招投标的范围是否完整，招标文件的文字表达是否准确，评标办法是否科学，程序是否合法，同时注重审查是否有违法招投标的情况发生，主要有从投标保证金入手，查处围标行为；从投标报价清单入手，查处串标行为；从拟投入施工人员入手，查处转包分包行为；从评标报告入手，查处暗箱操作行为。
2.3.2 施工合同阶段
主要审查施工合同条款，重点把握合同价与中标价是否一致；合同工期及奖惩措施是否明确，工期质量及验收标准是否明确；工程施工进度款支付时间及比例是否合理，工程预付款数额、支付时限及抵扣方式是否明确；材料设备款定价认为因素影响较大，必须加以重视，要尽可能在合同中细化设备、材料采购事项，明确材料的采购数量和质量要求，规范操作过程；工程变更、争议、索赔的处理原则是否合法合规等等。
2.3.3 施工阶段
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第一，是审查施工进度款的拨付是否与合同也一致，重点审查要求支付进度款的工程量是否与实际完成的工程量相符，计量计价方式是否与合同约定相符，同时预付款、材料设备款是否按合同及时扣回等等。第二，现场审计与参与施工管理相计划，单项工程以上的工程验收、隐蔽工程隐蔽前验收等要做好相关记录，为将来工程的结算做准备。工程变更、施工现场签证手续是否合规合法、及时完整真实，特别要注意从变更时间和内容上把握同一内容工程变更是否出现在前后不同的联系单或在同一份联系单上改头换面的多次重复出现的现象。同时要对工程变更产生的工程量真实性进行现场查验，确保没有降低标准，施工单位获取超额利润的情况发生。第三，是对工程索赔进行审计。根据索赔的定义不难看出，承包方的索赔应具备两个基本条件：一是非承包方的自己的过错；一是过错给承包方带来了经济损失。只有在同时具备上述两个条件，承包方的经济索赔才能成立。除此之外，审计时还应注意索赔的时效性。承包人应在发生索赔事件后及时办理索赔，如果没在合同约定时间内办理，逾期将不予认可。
2.4 政府投资项目竣工决算阶段的跟踪审计是发挥审计效益的具体体现
在已经完成初步验收和编制出竣工决算的前提下，可以进行竣工决算阶段的审计，主要是确定单项工程的价值。建设部门提供的结算资料应完整，内容真实，签章手续完善；工程竣工结算书按照合同相关要求进行编制，编制依据符合规定等。
重点要把握四个环节：一是把好工程量计算关，二是把好取费标准审计关，三是把好材料价差审计关，四是把好套用清单定额审计关。
3 跟踪审计过程中解决问题的对策
3.1 完善相关跟踪审计法律法规，特别是要明确跟踪审计的程序、方法和内容
科学编制跟踪审计方案，创新跟踪审计通知书方法方式，审计通知书一定要有适当的方式发放，一是可以规避跟踪审计风险，二是作为跟踪审计档案资料归档的依据，确保跟踪审计质量。同时要加大跟踪审计通报，要定期对被审计单位整改的事项进行回访，确保整改落实到实处。
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