（一）造成地方保护主义泛滥
法院的地方化使得独立审判的原则难以落实，司法公正难以保证，社会主义法制难以统一。这是我国法院体制的最大缺陷。我国法院体制的现状是，法官由地方权力机关任命，这也使得地方各级法院无力抗拒地方权力的干预。当地方利益与国家利益发生冲突时，法院便成为保护地方利益了工具，由此造成了地方保护主义、执行难、行政案件难等一系列问题，最终破坏了国家法律的统一与法制的尊严。
（二）造成司法权不统一
就国家而言，法官只知有地方，不知有中央。从世界各国的司法体制来看，法官大部分由国家任命，而不是由地方选举。如在英国，大法官、上诉法院法官均由首相提名，女王任命。其他法官由大法官提名，女王任命。任命本身就是一种国家荣誉，这有利于强化法官对职业的神圣感和使命感，从而严格依法行事。同时，由于任命法官的主体地位相对较高，有利于防止地方势力的干扰，从而保证独立行使司法权，避免司法腐败行为。然而在我国，除最高人民法院以外，所有地方各级法院的院长，都由同级人大选举产生，由大会主席团任命；副院长、法官等人选，由同级法院院长提请同级人大常委会任命。这种法官的任命方式，削弱了法官对国家整体的认同感和使命感，认为自己只是地方的法官，而不是国家的法官。效忠于地方成了法官的最高理论。另外，由于我国的法官不回避本籍，就使得法官在办案时陷于两难境地：要秉公裁判，往往会撕破由地方血缘、亲情、宗族编织起来的关系网，使法官招致无情无义的骂名，使得他们的衣、食、住、行，都受到一定影响。而要徇私情，枉法裁判，又会招致法律的制裁，丢掉自己的职业饭碗。所以，法院的地方化在某种程度上加重了法官的心理负担，损坏了法官的道德观念。
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