三、中药知识产权行政保护和专利保护的冲突
由于近年来我国对《专利法》、《药品管理法》等法律的修改，出现了中药品种的行政保护权和专利权之间的冲突。《中药品种保护条例》第2条：“申请专利的中药品种，依照专利法的规定办理，不适用本条例。”《中药品种保护条例》是行政法规，在法律效力上低于专利法，所以依据专利法，未经专利人许可，即使企业获得中药品种保护证书，依然不能制造、使用和销售该产品；2001年我国修订《药品管理法》后，《中药品种保护条例》具有特别法的效力，法理上其效力应优于作为一般法的专利法。《中药品种保护条例》和《专利法》的冲突需要在今后的修订中解决。
另外,我国于1985年加入了巴黎公约，巴黎公约是当今国际社会保护工业产权最基本、最重要的一个全球性多边公约。中国加入WTO 后必须履行《与贸易有关的知识产权协议（TRIPS）》。而我国对中药的行政保护与巴黎公约、TRIPS协议存在权力保护主体方面的冲突。《中药品种保护条例》第2条规定：“本条例适用于中国境内生产制造的中药品种，包括中成药、天然药物的提取物及其制剂和中药人工制成品。”这一规定与巴黎公约和TRIPS 的国民待遇原则相冲突。
四、中医药知识产权保护的对策探讨
我国完善目前中医药知识产权保护法律体系的工作应同时考虑三个方面：挖掘传统中医药的宝库，鼓励中医药的创新发展，促进中医药国际化，为我国中医药进入国际主流市场奠定好法律保护的基础；系统继承中医药独特的理论体系，宝贵知识和经验，防止中医药在现代化的进程中西医化；防止发达国家利用资金和技术上的优势对我国在中医药的传统知识方面的相关权利不当占有或不公平利用。因此，笔者认为，对中医药知识产权的法律保护体系的建设应在专利保护的根基下同时拓展传统知识保护的途径。这是一个保护“现在”和一个保护“未来”的问题。
（一）完善专利制度及相关法律
1.采用国际耗尽原则。所谓耗尽原则，就是规定专利权人在首次将产品投放市场后，即丧失行销控制权的原则。这是一种避免专利权人控制整个销售体系得规定。发达国家多采用国内耗尽原则，主要目的是禁止专利产品平行进口，保持技术输出国的优势；而发展中国家因为多为技术输入国，国内所授权的专利多为外国人拥有，为保护国内产业的发展，多采用国际耗尽原则。《多哈宣言》明确了成员可以采用权利国际用尽原则，宣言指出：TRIPS 协定的这些规定的作用，是使每个成员自由地、不受挑战地建立各自的权利用尽原则。
目前我国专利法采用的是国内耗尽原则，这不利于保护中医药产业和促进行业的创新，以及提高中医药企业的市场竞争能力。但，如果我国专利法采取专利国际耗尽原则，将会减少国内企业对技术研发的限制，提高我国中医药的产业技术竞争力。
2.制定中医药专利强制许可的规则。《多哈宣言》明确了：TRIPS协定各成员国依据各自决定的范围授予强制许可。我国目前中医药产业的技术水平低下，与国外发达国家比较，在申请中医药的专利方面缺乏竞争力。我国应从实际情况出发，制定有关中医药专利强制许可的规则，对利用我国传统中医药资源获得的专利进行强制许可，进行二次开发，以推进我国企业引进、吸收消化先进技术，从事原始性创新的积极性和持续性。
3.要求披露利用的传统中医药来源信息。印度于2002年对其专利法进行修改，规定专利申请人必须在其说明书中公开涉及的任何生物物质的来源和地理起源，并规定允许以整个说明书没有公开或不正确地提及发明所用的生物材料的来源或地理起源为由，对专利提出异议。建议我国在专利法中也采用相应的规定，对盗用传统中医药资源的专利申请人起到一定的震撼作用，应可为我国建立中医药传统知识利益的特殊保护制度做一个铺垫。
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