《医疗事故处理条例》的弊端:《医疗事故处理条例》只是规定了医疗事故的责任承担问题，对不属于医疗事故的医疗损害赔偿纠纷的处理没有进行规定。司法实践中存在大量不属于医疗事故，但医疗机构及其医务人员在医疗活动中存在医疗过失的案例，如果按照《医疗事故处理条例》第49条第2款规定“不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任”，就与《民法通则》发生冲突，因为不构成医疗事故的医疗过失人身损害赔偿，本质上仍属于民事侵权损害赔偿，从对受害人的损害必须给予救济的角度出发，必须予以赔偿。《医疗事故处理条例》属于行政法规，其法律位阶低于《民法通则》，所以当《医疗事故处理条例》与《民法通则》矛盾时，应当适用《民法通则》。因而，对不构成医疗事故的医疗过失纠纷的处理，应当适用《民法通则》第106条和第119条规定进行处理，《医疗事故处理条例》第49条第2款的规定不能免除医疗机构及其医务人员按照《民法通则》有关规定承担民事侵权赔偿责任。
在司法实践中，法官处理案件并不以是否构成医疗事故作为民事赔偿的先决条件，因为医疗事故不是构成医疗民事侵权的必备要件，而医疗过失则是构成医疗民事侵权的必备要件，因而实践中，法官以存在医疗过失作为赔偿的依据。
医疗事故鉴定的弊端:《医疗事故处理条例》和卫生部发布的《医疗事故技术鉴定暂行办法》规定了医疗事故技术鉴定制度。医疗事故鉴定制度，对解决我国大量的医疗纠纷案件，起着举足轻重的作用，但目前的规定还存在着缺陷与不足，客观上也给法官在审判工作中带来了困难。
根据《通知》第2条，医疗事故鉴定，按照《医疗事故处理条例》交由医学会组织鉴定；因医疗事故以外的原因引起的医疗赔偿纠纷需要进行司法鉴定的，按照《人民法院对外委托司法鉴定管理规定》组织鉴定。实践中，法官对医疗事故及不构成医疗事故的医疗纠纷均需要通过认定医疗过失的存在来判定民事责任，医疗过失鉴定是人民法院处理医疗纠纷案件的重要依据。鉴定结论是否科学、公正将直接影响案件的审理，对案件的处理起着很重要的作用。而《通知》中没有明确医疗过失鉴定由哪一个机构进行，目前审判实践中委托医学会或司法鉴定机构进行医疗过失鉴定，而且法院一般委托医学会进行鉴定。由于医学会设有专家库，有大量医学专家，凭借专业实力，本应当容易地进行医疗过失鉴定，但是，医学会组织医疗事故技术鉴定时大多数情况下，只分析是否构成事故，鉴定中不明确医疗过失是否存在。人民法院审理医疗纠纷案件时，需要的不是是否构成医疗事故的鉴定结论，而是需要根据法律、法规和医疗规范，在明确医患双方的权利、义务关系后，明确医疗机构及其医务人员在诊疗过程中是否存在过失、过失行为与人身损害后果之间的因果关系、过失行为在医疗事故损害后果中的责任程度以及过失行为所致患者机会的丧失等情况。因而医疗事故技术鉴定只能作为医疗事故行政处理的主要依据，不能满足司法实践的需要[55]。
同时医疗事故技术鉴定的鉴定结论欠缺客观公正性。首先，医学会建立的专家库，实质上是一种内部登记制度，不利于外界对医疗事故鉴定活动的监督，医疗事故鉴定人与其他司法鉴定类型的鉴定人比，身份比较特殊，除法医之外，医学专家既是鉴定人，又是正在执业的医务人员，有着双重身份，缺乏中立性，在某种程度上影响了鉴定的公正性，降低了其在社会上的公信力。其次，医疗事故技术鉴定专家鉴定组进行鉴定时，实行合议制，根据半数以上专家鉴定组成员的一致意见形成鉴定结论。鉴定人作出的鉴定结论本属于其个人意见，同时，又是重要的诉讼证据之一，直接影响着诉讼活动及审判结果，因此，鉴定人理应对自的鉴定结论负责。医疗事故鉴定以专家鉴定组的名义出具鉴定书，由专家鉴定组组长签发，这在形式上回避了鉴定参与人的法律责任和义务。由于缺乏追究鉴定人行为不当、违规或违法鉴定的个人责任的制度和措施，不能保证鉴定人认真履行职责。另外，鉴定人几乎不出庭作证，绝大多数的鉴定结论都是提交法庭后，以法官宣读鉴定结论的方式对其进行审查[56]，不能保证鉴定结论的公正性。
从以上分析可以看出，不论是对医疗事故的处理，还是对不构成医疗事故但存在医疗过失的处理，均是以存在医疗过失作为认定民事责任的依据的，因为医疗过失才是民事侵权责任的构成要件和归责原则；医疗事故使同一种性质的医疗过失纠纷被人为地划分成两个部分，适用两种法律进行处理，且处理结果与过失程度成反比，不仅破坏了法律的统一，而且损害了社会的公正。因而，医疗事故概念不符合法学理论和司法实践的要求，以它为核心的《医疗事故处理条例》处理医疗民事纠纷显得力不从心。
由于《医疗事故处理条例》对医疗民事纠纷处理存在上述弊端，2003年1月6日最高人民法院发出《关于参照〈医疗事故处理条例〉审理医疗纠纷民事案件的通知》（以下简称《通知》），《通知》中第1条规定：条例施行后发生的医疗事故引起的医疗赔偿纠纷，诉到法院的，参照条例的有关规定办理；因医疗事故以外的原因引起的其他医疗赔偿纠纷，适用民法通则的规定。根据《通知》的精神，构成医疗事故的民事赔偿案件适用《医疗事故处理条例》处理，不构成医疗事故但存在医疗过失的民事赔偿案件适用《民法通则》处理，从而形成我国独特的医疗损害赔偿案件法律适用“二元化”的格局。
适用《医疗事故处理条例》或者《民法通则》在鉴定机构、鉴定内容、赔偿标准上不统一，赔偿数额相差悬殊，导致不同的法官对如何适用法律都有着不同的理解，造成医疗损害赔偿案件处理裁判混乱。当事人甚至律师都感到无所适从，法律的公平、公正性、严肃性、适用法律的统一性受到挑战。过失大，对患者健康和生命损害严重的构成医疗事故，适用《医疗事故处理条例》，赔偿数额少；过失小损害轻，不构成医疗事故的，适用《民法通则》，赔偿数额多。医疗过失的大小与赔偿数额呈反比而且相差悬殊，导致医患矛盾加剧，双方的合法权益均得不到有效保障，这无论从逻辑上还是从法律上来讲都是说不通的。同时，这种“二元化”的格局导致了医疗机构及其医务人员大量“防御性”医疗措施的出现：如不做高风险的医疗项目、没有必要的全面检查、患者有异议就要其签字同意出现事故医院概不负责，医务人员不得不将大部分精力用在怎样避免承担责任上。有的医院甚至还设立了专门机构设计各种合同、告知书、同意书，这种虚假的说明严重侵犯了患者的知情同意权，弄虚作假也严重阻碍了医学科学的发展。
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