在首次提请全国人大常委会审议的反垄断法草案中，规定了我国反垄断法执行机构体系为“反垄断委员会”与“反垄断执法机构”的双层框架模式。但草案规定的“反垄断委员会”和“反垄断执法机构”的双层执行框架模式并没有明确反垄断执法机构是由新设立的机构承担，还是由现有的某些机构承担，同时反垄断执法机构如何与现实中的政府部门衔接，草案也并没有具体说明。此外，反垄断委员会与反垄断执法机构是什么样的法律关系；反垄断执法机关是设立在现有行政部门内部，还是单独设立独立执法机构；主要由行政官员主导，还是由法律与经济专家组成；是否设立分支执法机构，其内部架构如何；它的调查权、执行权有多大，是否拥有部分司法权，是否可以充当原告等都有些问题仍然需要进一步探讨。
纵观世界各国的反垄断执行机构设置，可以将反垄断执行机构体系划分为四种模式：(1)法院与行政主管机关并存的法院主导型；(2)两个行政主管机关并存的行政主导型；(3)国会制约下的专门化单一机关型；（4）转轨经济的行政主导型。
法院与行政主管机关并存的法院主导体制的代表是美国，美国反托拉斯主要执法权赋予了司法部反托拉斯局（AD）、联邦贸易委员会(FTC)和州政府，同时私人也可以提起三倍损害赔偿。联邦贸易委员会和司法部反托拉斯局以及州政府的执法被称为公共执法。而私人在认为其受到违反反垄断法的行为侵害时，可以向联邦法院提起私人诉讼，这是美国独有的反托拉斯程序。联邦贸易委员会和司法部共同承担《谢尔曼法》和《克莱顿法》的执法职责，实行的是双轨制执法制度。虽然这两个机构经过长期的磨合并通过内部协调机制可以很好地解决执法过程中的分工与合作关系，一般情况下不会出现相互扯皮的问题。尽管如此，对于两个机构之间职责界限的模糊性，仍然受到社会各界的批评。
两个行政主管机关并存的行政主导体制的典型是德国，德国反垄断执法体系统称为“卡特尔局”，包括联邦卡特尔局、联邦经济部、州卡特尔局和反垄断委员会。其中联邦卡特尔局是最主要的执法机构，同时也是一个独立的联邦高级机关，隶属于经济部。经济部也是独立的联邦机关，隶属于联邦经济部，其主要职责是制定包括反垄断政策在内的竞争政策。州卡特尔局隶属于州政府，负责州内卡特尔事务。反垄断委员会是独立的咨询机构，它的主要任务是对德国企业的集中化发展以及企业合并的情况进行定期评估，评估报告通常能够影响卡特尔法的具体执行，而且还能够影响到联邦经济部的决策。德国反垄断执法体系统在特定情况下卡特尔局和经济部长可共同执行反垄断法，这是德国反垄断执法的重要特点。其优点是便于灵活协调经济政策和竞争政策的关系，缺点是容易出现权力交叉冲突。
典型的国会制约下的专门化单一机关体制是日本，在日本，反垄断执法机关主要是根据1947年《禁止私人垄断及确保公平交易法》设立的公平交易委员会。公平交易委员会主要负责实施反垄断法的竞争政策，是隶属于首相而独立于内阁行使职权的政府行政机关。公正交易委员会的职能是实施反垄断法、各种核准的受理和审查、经济状况和经营活动的研究、为其他行政机关提供咨询、就反垄断法的适用发布指南，并对一些请求做出反应。在实施反垄断法的过程中，公正交易委员会具有行政权、准立法和司法权三项职权。公正交易委员会主要是行政制裁措施，它包括发布排除垄断行为或垄断状态的命令和对违法者处以罚款等措施。当事人不服裁决的，可以向东京高等法院上诉。虽然日本早在1947年就颁布了反垄断法，而且也成立了反垄断机构———公正交易委员会，但是其始终难以有效发挥作用。
俄罗斯是典型的转轨经济行政主导型体制，其反垄断执法机构主要是联邦反垄断政策与企业扶持部及其分支机构承担是俄罗斯反垄断的立法、执法和行政裁决机关，负责解决有关反垄断的行政管理争端，但不涉及经济纠纷。如果当事人不服，有权向一般法庭或经济法庭起诉，要求部分或全部撤销联邦反垄断部门的决定，或者要求取消或更改由联邦反垄断部门做出的行政处罚或课收罚金的决定。联邦反垄断局主要负责制定和实施有关培育商品市场和促进竞争，以及预防、限制、排除垄断活动和不公平竞争的国家政策。俄罗斯的反垄断执法体制具有强烈的行政色彩，其执法机关的独立性、权威性相对不强，执法机构庞大且效率低下。
反垄断法的目的就是维护自由、保护竞争，它是竞争政策的一部分。如果一个国家要以市场机制作为配置资源的根本手段，这个国家就得反垄断，就得制定反垄断法，就得为企业营造一个公平和自由的竞争环境，而反垄断法的有效实施依赖于反垄断执行机构设置的有效性。通过上述有关反垄断体制设置的比较，可以看出在确立反垄断执行机构及其职权的过程中，必须兼顾司法与行政的相互制衡性、反垄断机构的权威性和独立性、反垄断机构运行的高效性和协调性、人员组成的专家性等这些国际原则，只有这样才能保证未来反垄断法的有效实施。
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