有关行政诉讼中起诉的期间，在实务界争议颇大，理论界也是众说纷纭，不少的律师和法官认为这就是行政诉讼中的诉讼时效。而笔者认同的观点是诉讼时效更是一种民事实体法制度，与行政诉讼起诉期限有着较大的区别，如借用诉讼时效来概括行政诉讼法的起诉期限，必将造成二者的混淆。本文通过以下几个方面的对比，试图试图划清两者界限。
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第一，从法律条文的表述来看，在民事诉讼中，诉讼时效是一个明确的法律制度，《民法通则》中第七章标题就是诉讼时效，在其他相关法律条文中也不鲜见“诉讼时效”这一法律概念，民事审判的裁判文书中可以直接适用这一法律制度。而翻开《行政诉讼法》及其司法解释，在任何一条法律条文中都没有引入“诉讼时效”这一词，只有“法定期限”（《行政诉讼法》第40条、司法解释44条）、“起诉期限”（行政诉讼法司法解释第41条、42条、43条）。由此可见，至少在行政诉讼立法方面暂未引入诉讼时效这一概念，部分律师甚至行政审判法官在法律文书中直接援引这一概念，实在有失考量。
第二，从制度设定的法理依据来看。民事诉讼时效体现了“法律不保护躺在权利上睡觉的人”这一原则，其直接体现是“保护被告免受有很久以前的事件引起的陈年旧账般的权利主张的困扰。”而行政诉讼起诉期限的规定更多的是把目光集中在行政行为的确定力之上，其重要目的是提高行政机关执法效率，维护行政管理秩序的稳定。立法者设定起诉期限，兼顾了具体行政行为的公定力和对公民权利的保护，划出一个确定的期间，让当事人启动改变或者撤销具体行政行为的程序，如果没有把握住这次机会，只有行政机关重新作出一个新的具体行政行为将它推翻才能更改。
第三，从制度产生的法律效果来看。诉讼时效的适用针对的是依附于实体权利（通常为债权）上的请求权，如果对方不提出诉讼时效抗辩则毫无效力。它实际上指权利人于一定期限内不行使请求权即丧失请求法院保护其权利的权利（在学理上通常称之为“胜诉权”）。而起诉期限从根本上来说，可以归类到是行政诉讼原告起诉所必备的条件之中，超过期限的，法院不会受理，其权利基础是诉权。至于之后起诉人希望救济的权利是否能够得到保护，还有待于人民法院进一步的审理。
第四，从人民法院的审查来看。对于诉讼时效，人民法院并不主动审查。即使立案时发现诉讼时效届满也一样受理，甚至有些时候直到结案了也没人提出诉讼时效抗辩的，那么法院就一直不审查。然而，在行政诉讼中，人民法院在立案审查的时候就要对当事人提起行政诉讼的时间进行审查，无正当理由超过起诉期限的，不予受理。对已经立案的行政案件起诉期限的审查更是行政审判开庭审理的首要任务，无论被告或第三人答辩与否，一经发现超过法定期限的，无论一审还是二审都应当裁定驳回起诉。
第五，从期限的计算来看，诉讼时效期限是可变期限，它可以通过权利人的行为（主张权利）中断计算，也可以因不可抗力或者其他障碍中止时效。而起诉期限是不变的，即使已经采取了其他的救济手段（如信访），结果超过法定期限了，人民法院也应当不予受理。
综上，行政诉讼中的起诉期限和诉讼时效是两个完全不同的概念，只要明确了两者的区别，在计算起诉期限时就不会错误套用民事诉讼时效的有关规定，极大的避免了现实中当事人不能及时行使诉权，合法行政权利得不到司法救济的情况发生。
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