刑诉法不仅确立了非法证据排除规则，而且将排除非法证据的时间提前到侦查阶段，刑诉法第54条规定，采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述和采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述，应当予以排除。收集物证、书证不符合法定程序，可能严重影响司法公正的，应当予以补正或者作出合理解释;不能补正或者作出合理解释的，对该证据应当予以排除。在侦查、审查起诉、审判时发现有应当排除的证据的，应当依法予以排除，不得作为起诉意见、起诉决定和判决的依据。这些规定对反贪侦查工作提出了新的任务和挑战。侦查终结前对证据合法性进行审查，能够尽早发现和纠正侦查中可能出现的错误和问题，及时维护诉讼参与人的合法权益，特别是在保障犯罪嫌疑人诉讼权利方面具有重大意义。因此，在侦查阶段建立对证据进行合法性审查的工作机制不仅必要而且非常迫切。
检察机关对自侦案件侦查终结前证据合法性审查工作是对侦查部门侦查取证工作的审查和监督，是检察机关完善法律监督、强化内部监督的重要体现。结合《人民检察院刑事诉讼规则(试行)》(以下简称刑诉规则)，侦查终结前证据合法性审查工作主要应确立以下几个方面内容。
(一)审查模式
审查模式可分为两种:
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第一种模式是在侦查期间，侦查人员依职权或依申请随时进行证据合法性审查工作，审查内容包括侦查机关认为有疑问的证据或相关人员申请排除的某些证据。
除侦查机关主动进行审查之外，犯罪嫌疑人及其辩护律师、证人、受到非法取证行为侵害的其他诉讼参与人亦有权申请对证据进行合法性审查。在其提出申请时，必须提供相关线索或证据。提出方式既可以是书面形式也可以口头告知，侦查机关应当记录在案。需注意的是，犯罪嫌疑人、证人等其他诉讼参与人应当被告知有申请对证据进行合法性审查的权利。
侦查人员可以在阅卷或会见犯罪嫌疑人时发现线索，侦查人员也可以通过其他人员反映情况获悉可能存在违法取证的问题。犯罪嫌疑人等提出证据合法性审查申请的，则当然启动审查程序，直接向侦查部门负责人汇报，不必经过批准，这既是为了保障犯罪嫌疑人等诉讼参与人的诉讼权利，也是为了使证据合法性审查工作能够有效运行。
第二种模式是将对证据合法性审查作为侦查终结前的必经程序。笔者建议在侦查终结前10日，侦查机关主动开展证据合法性审查工作，对全案所有证据材料和取证程序进行审查。
这两种模式，前者及时、灵活，后者全面、系统，二者互相补充，笔者认为应结合使用。
(二)审查主体
侦查阶段证据合法性审查作为一种内部工作，侦查部门是当然的审查主体。但对重大疑难问题，可以请侦监、公诉部门参加，听取他们的意见。
侦查机关承办人员对证据进行审查时，应遵循回避和交叉原则。即不得审查自己收集的证据，如果人员较少，可以由共同办理案件的侦查人员互相审查，或由侦查部门负责人指定非办理本案的侦查人员进行审查。必要时可设置1至2名专门的审查人员，由办案经验丰富的侦查人员担任，在案件侦查终结前对全案的证据进行审查把关。
(三)审查方式
依据刑诉规则第70条规定，侦查机关审查人员初步判断可能具有非法性的证据，应通过了解情况、核查讯问、查阅材料，向办案人员询问取证情况，调取同步录音录像资料等方式进行审查判断，且应将审查的记录、询问笔录等材料保存，以便作为说明证据合法性的依据。
(四)审查标准
如何区分瑕疵证据和非法证据，怎样进行补救，涉及到具体的实体问题，总的来说，应当把握以下两个大的原则:
一是对于采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述和采用暴力、威胁等方法收集的证人证言、被害人陈述，以及收集物证、书证不符合法定程序可能严重影响司法公正又不能补正或作出合理解释的，应当依法排除。
对于认为客观真实，但程序轻微违法的言词证据，可以进行补正，如果条件允许，应重新制作。
二是对于违反法定程序收集的物证、书证等实物证据，应根据其在整个证据体系中所起的作用，决定补充完善或重新取证。不属于唯一性或不可再生性的证据，一般应当予以排除。如果是程序上的疏忽或过失，客观上造成的影响不严重，在作出补正或合理解释的情况下，不予排除。
(五)审查结果
审查人员经审查，对全案证据是否存在违反法律规定、是否需要补正或排除、如何补正或重新收集提出书面意见，经部门讨论后由部门负责人决定。据刑诉规则第68条规定，在侦查阶段，检察院发现侦查人员以非法方法收集证据的，应当报经检察长批准，及时进行调查核实。第71条规定，检察院调查完毕后，应当制作调查报告，根据查明的情况提出处理意见，报请检察长决定后依法处理。
依申请进行的证据合法性审查工作结束后，应将审查结果和理由告知申请人。申请人不同意侦查机关审查决定的，可以向同级或上一级检察院控告申诉部门反映，也可以在审查起诉以及审判程序中提出排除非法证据的申请。
(六)审查后的纠正
对基于证据合法性审查工作作出的非法证据排除或需要对证据进行补正的 决定，应当立即指派相关侦查人员执行，并将执行情况及时反馈;如果未能执行，应当说明未能执行的理由。
对被确定为瑕疵证据、非法证据的，应责令收集该证据的侦查人员说明情况，违法情节轻微、证据可以补正的，应当予以批评教育;情节严重、涉嫌构成犯罪的，应当依法追究刑事责任。
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