若干非等位基因只有同时存在时才出现某一性状，其中任何一个发生突变时都会导致同一突变型性状，这些基因称为互补基因。
举例：如果把豌豆冠的鸡跟玫瑰冠的鸡交配，子一代的鸡冠是胡桃冠。子一代个体间相互交配，得到子二代，它们的鸡冠有胡桃冠、豌豆冠、玫瑰冠和单冠，大体上接近9：3：3：1。假定控制玫瑰冠的基因是R，控制豌豆冠的基因是P，而且都是显性的，那末玫瑰冠的鸡没有显性豌豆冠基因，所以基因型是ppRR，与之相反，豌豆冠的鸡没有显性玫瑰冠基因，所以基因型是PPrr。前者产生的配子全部是pR，后者产生的配子全部是Pr，这两种配子相互结合，得到的子一代是PpRr，由于P与R的互补作用，出现了胡桃冠。子一代的公鸡和母鸡都形成PR，Pr，pR和pr的4种配子，数目相等。根据自由组合定律，子二代应该出现4种表型，胡桃冠(P__R__)，豌豆冠(P__rr)，玫瑰冠(ppR__)和单冠(pprr)，它们的比数为9：3：3：1。在这个例子中，P与R是互补的，形成了胡桃冠，P与r是互补的，形成了单冠，所以P与R，p与r是互补基因。
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