有氧呼吸的三个阶段方程式：第一阶段：C6H12O6酶→2C3H4O3+4[H]+少量能量;第二阶段：2C3H4O3+6H2O酶→20[H]+6CO2+少量能量;第三阶段：24[H]+6O2→12H2O+大量能量。
1有氧呼吸第一阶段方程式
在细胞质的基质中，一个分子的葡萄糖分解成两个分子的丙酮酸，同时脱下4个[H](活化氢);在葡萄糖分解的过程中释放出少量的能量，其中一部分能量用于合成ATP，产生少量的ATP。这一阶段不需要氧的参与，是在细胞质基质中进行的。
方程式：C6H12O6酶→2C3H4O3(丙酮酸)+4[H]+少量能量(2ATP)(4[H]为4NADH)。
2有氧呼吸第二阶段方程式
丙酮酸进入线粒体的基质中，两分子丙酮酸和6个水分子中的氢全部脱下，共脱下20个[H]，丙酮酸被氧化分解成二氧化碳;在此过程释放少量的能量，其中一部分用于合成ATP，产生少量的能量。这一阶段也不需要氧的参与，是在线粒体基质中进行的。
方程式：2C3H4O3(丙酮酸)+6H2O酶→20[H]+6CO2+少量能量(2ATP)(20[H]为16NADH和NADPH)。
3有氧呼吸第三阶段方程式
在线粒体的内膜上，前两阶段脱下的共24个[H]与从外界吸收或叶绿体光合作用产生的6个O2结合成水;在此过程中释放大量的能量，其中一部分能量用于合成ATP，产生大量的能量。这一阶段需要氧的参与，是在线粒体内膜上进行的。
方程式：24[H]+6O2酶→12H2O+大量能量(34ATP)(24[H]为10*2NADH和2*FADH2)。
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