1、选择适合于待分离微生物的生长条件，如营养，酸碱度，温度和氧等要求或加入某种抑制造成只剩于该微生物生长，而抑制其他微生物生长的环境，从而淘汰一些不需要的微生物。2、微生物在固体培养基上生长形成的单个菌落可以是由一个细胞繁殖而成的集合体。
分离技术主要是稀释和选择培养。稀释是在液体中或在固体表面上高度稀释微生物群体，使单位体积或单位面积仅存留一个单细胞，并使此单细胞增殖为一个新的群体。
最常用的为平板划线法。如果所要分离的微生物在混杂的微生物群体中数量极少或者增殖过慢而难以稀释分离时，需要结合使用选择培养法，即选用仅适合于所要分离的微生物生长繁殖的特殊培养条件来培养混杂菌体，改变群体中各类微生物的比例，以达到分离的目的。为保证分离到的微生物是纯培养，分离时必须用。
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