内部审核通过持续符合性和有效性验证，发现和纠正质量管理体系在建立和实施中的问题，因此内审中的不符合不是按其严重性，而是考虑到纠正措施的不同按性质分为以下三类。
（1）体系性不符合（文一标不符）
体系性不符合是指制定的质量管理体系文件与有关法律法规、认可准则、合同等的要求不符。例如，某实验室未建立处理抱怨（申投诉）程序；体系文件中没有规定影响检测/校准质量的辅助设备和消耗性材料的采购应优先考虑质量的原则。
（2）实施性不符合（文一实不符）
实施性不符合是指未按文件规定实施。例如，某实验室对原始观测记录虽然规定了要包括多种信息，以便复现，但实际上环境条件、使用设备、测量方法等都未予记录，这就属于实施性的不符合。
（3）效果性不符合（实一效不符）
质量管理体系文件虽然符合认可准则或其他文件要求，但未能实现预期目标。文件规定不完善、原因分析不到位等都会导致效果性不符合。例如，实验室都按文件规定在运行，但质量目标未实现；纠正措施采取了，但是类似问题继续发生等，这种不符合称为效果佳不符合。
还有一类问题虽未构成不符合，但有发展成不符合的趋势。这类问题可作为“观察项”向受审方提出，以引起重视并做出相应的预防措施。
为了使最高管理者注意到那些比较严重的不符合项并引起重视，在审核报告中可将各类问题按重要程度排列，并重点指出重要的问题。
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