（1）只能解决管辖权的积极冲突且不彻底
本国法院和外对同一际民事诉讼都具有管辖权是不方便法院原则的适用前提，该原则只能适用于出现管辖权积极冲突的情况下，而国际民事诉讼中管辖权的冲突形式是多种样，管辖权的积极冲突只是很小一方面，管辖权的积极冲突只是很小一方面。由此可见，由于适用条件的限制不方便法院原则范围十分有。
虽然不方便法院原则的适用结果是放弃本国管辖权，但的适用结果是放弃本国管辖权，但在适用时不能影响本国国家或公民的利益。当同一案件存在两个有管辖权的法院时，国适当同一案件存在两个有管辖权的法院时，国适用不方便法院原则实际上是基于国礼让放弃本的管辖权，由另用不方便法院原则实际上是基于国礼让放弃本的管辖权，由另一更适当法院来审理案件，也会对当事人的权利作出一定限制，在此过程中难免也会对当事人的权利作出一定限制，在此过程中难免会对本国公民、法人的公民、法人的利益产生一定的影响，损害到本国当事人的权益。最终结果可能损害到本国当事人的权益。最终结果可能是本国放弃了管辖权，却没有保护好是本国放弃了管辖权，却没有保护好本国当事人的利益，管辖权积极冲突也没有得到妥善解决。
（2）不方便法院原则的适用可能会导致原告对诉讼产生排斥心理
不方便法院原则赋予被告对管辖权提出异议的利，受诉法院可能会根据被告的请求放弃管辖，也有可能继续审理还是由法官发挥自裁量权告的请求放弃管辖，也有可能继续审理还是由法官发挥自裁量权告的请求放弃管辖，也有可能继续审理还是由法官发挥自裁量权决定的，原告难以预计法院就究竟会做出何种决定。不方便法院原则本是被告用来限制原告挑选法院的制度，但是反过来该原则也有可能成为被告挑选法院的制度，但是反过来该原则也有可能成为被告挑选法院的制度，但是反过来该原则也有可能成为被告的工具，被告选择对自己最为有利法院作更适当。的工具，被告选择对自己最为有利法院作更适当。这些都会严重影响到原告的利益或长时间地拖延诉讼，此以往可能会对诉讼产生排斥心理。
（3）不方便法院原则在适用时依据的是宽泛而模糊自有裁量权
是否适用不方便法院原则完全依赖于官的自由裁量，其实质就等继续是否适用不方便法院原则完全依赖于官的自由裁量，其实质就等继续审理还是中止诉讼依靠法官的直觉判断。这对法官的道德修养和业务素质都提出了极高的要求，只有那些具尚道德信念、充沛知识体系和卓越能力法官出了极高的要求，只有那些具尚道德信念、充沛知识体系和卓越能力法官出了极高的要求，只有那些具尚道德信念、充沛知识体系和卓越能力法官才能保证不方便法院原则发挥维护司公正和效率的作用。否则，法官依此不断用。否则，法官依此不断用。否则，法官依此不断用。否则，法官依此不断扩大自己的权利，危害司法公正，导致案件审判的不一致性和不确定性。
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