安全是一个相对的概念，即便是经常食用的传统食品，也不能说在任何情况下，对任何人都绝对安全。例如，联合国粮农组织就把牛奶、鸡蛋、鱼、甲壳类（虾、蟹、龙虾）、花生、大豆、核果类（杏、板栗、腰果等）及小麦等8类食物列为常见过敏食物，因为尽管多数人吃了没事，一部分人吃了也还存在一定风险。即便是水、盐和糖等这些人体必需的东西，吃多了也是有害的。比如水喝多了会导致电解质失衡，盐吃多了会诱发高血压，而糖吃多了容易骨折，还会诱发一些诸如肥胖症和糖尿病之类的慢性疾病。
在食用的植物中也会产生毒性物质和抗营养因子。如蛋白酶抑制剂、溶血剂、神经毒剂等。在许多豆科植物中会产生较高含量的凝集素和生氰糖苷，在食用前未经过加热浸泡除去植物凝集素，就可能造成严重的恶心、呕吐和腹泻。如果生食豆类和木薯，其中的生氰糖苷可能导致慢性神经疾病甚至死亡。现在已知的植物毒素约1000余种，绝大部分是植物次生代谢产物。
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