转基因食品的安全性问题受到有关国际组织、各国政府及消费者的高度关注。国际食品安全标准主要由国际食品法典委员会（CAC）组织制定。这是世界粮农组织（FAO）和世界卫生组织（WHO）共同成立的，是政府间协调各成员国食品法规标准和方法并制定国际食品法典的唯一的国际机构。其所制订的食品标准被世界贸易组织（WTO）规定为国际贸易争端裁决的依据。
国际食品法典委员会（CAC）于2003年起先后通过了四个有关转基因生物食用安全性评价的标准。依据国际标准，目前国际上对转基因生物的食用安全性评价主要从营养学评价、新表达物质毒理学评价、致敏性评价等方面进行评估。大多数国家都有专门机构负责转基因食品的食用安全评价，在美国主要是食品药品局（FDA）负责，欧盟是欧盟食品安全局负责，中国是农业部负责。各国安全评价的程序和方法虽然有所不同，但总的评价原则都是按照食品法典委员会的标准制定的，包括科学原则、比较分析原则、个案分析原则等。转基因食品入市前都要通过严格的安全评价和审批程序，比以往任何一种食品的安全评价都要严格。
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