食物致敏一直是食品安全中的重要问题，过敏反应主要是人们对食物中的某些物质特别是蛋白质产生病理性免疫反应，包括由免疫球蛋白IgE介导的过敏反应和非IgE介导的过敏反应两种。过敏病人会出现口腔/面部红肿或炎症、皮疹、呕吐、腹泻、哮喘等症状，重者甚至会危及生命。转基因食品中由于引进了新基因，其表达的新蛋白质可能引起过敏反应。因此，转基因产品致敏性是世界各国严格监控的指标。
各国对转基因食品的致敏性评价是根据国际食品法典委员会的标准进行的。主要评价方法包括基因来源、与已知过敏原的序列相似性比较、过敏患者的血清进行特异IgE抗体结合试验、定向筛选血清学试验、模拟胃肠液消化试验和动物模型试验等，最后综合判断其潜在致敏性。如果判定为有致敏的可能，该产品就会被取消研发和上市的资格。例如，具有潜在致敏性的转巴西坚果2S清蛋白的大豆，由于在进行过敏评价时发现是一种过敏蛋白就中途停止研发。
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