位于呼吸道和消化道粘膜入口处的免疫活性淋巴组织在粘膜免疫系统中起着重要作用。鼻咽粘膜、腭扁桃体和腺样体，由于它们在解剖上占有呼吸道和消化道入口的位置，与外界环境保持比较密切而经常的接触，被认为是抵御呼吸道感染的第一道防线，对吸入或食入抗原的侵袭首当其冲。扁桃体捕获这种抗原的能力已得到证实。
咽上缩肌收缩加上吞咽动作将扁桃体推入口腔，使其表面浸浴在口腔和咽腔的分泌物中，可持续地监视空气和食物内的各种细菌。含有细菌的分泌液连续而缓慢地流过淋巴组织，结果形成抗体，以抵御来自鼻腔和口腔的微生物。
扁桃体有重要的免疫功能，在活体内和活体外均已证实扁桃体内可形成免疫球蛋白（IgA、IgG、IgM、IgD和IgE）、干扰素。扁桃体还参与特异性细胞免疫，可能对抗某些恶性肿瘤的发生，对全身抵抗力起重要的作用。
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