重茬病有物理性的、化学行的和生物性的。土壤板结、通透性差是物理的，化学残留及缺素是化学的，病菌积累和自身分泌的有毒物质是生物的。
无论是化学残留的，还是作物自身分泌的有毒物质，都是有机大分子物质，在土壤中相当稳定，影响有效营养物质的活性，并且阻碍有益微生物种群的建立，进而加重作物重茬病的程度。
重茬病往往不是单方面的因素造成的，是受营养水平与内源激素的调节并与细胞代谢水平相关的复杂过程。主要原因是由于土壤中有益微生物的减少而引起的化学残留积累、病菌积累、作物自毒积累和中微量元素供应不足所致。化学残留主要是除草剂，其次是化肥和农药的残留。
任何生物都分泌对自身有毒的物质，长时间重茬种植，其本身分泌的大分子有毒物质，不易被雨水淋洗，更不易与化学物质引起反应，经年累作，分子越聚越大，其付作用也越来越明显。
中微量元素供应不足，不一定就是土壤中缺少这些元素。而是由于长期施用高浓度的N、P、K三元复肥，忽视了生物肥的使用和离子间的拮抗作用，使这些元素供应不足，其表现形式往往是投化肥量愈大、产量愈高的，程度愈重。如：磷与铵态氮具有相互促进的作用，磷过量，促使植株大量吸收铵态氮，阻碍锌、镁、铁等离子的吸收，而缺锌，无法合成生长素，生长受阻；缺镁、铁，叶绿素形成受阻。土壤中氯化物增多，一方面加重盐害，一方面与硫拮抗，阻碍硫的吸收与运输，而缺硫，无法合成蛋白质。可以重复利用的中微量元素一旦吸收量小，不能满足其新生组织的生长需要时，老叶中的养份就向新叶输送。
土壤中有毒物质的存在影响根际微生物群落的变化，加剧了这种进程。
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